摘要
随着人们生活质量的提高，在饮食上更注重全面的营养需求。蛋壳颜色作为最直观的感官评价指标，通常以绿壳颜色更受欢迎。静原鸡是宁夏优良的地方鸡种，主要产粉壳和绿壳颜色鸡蛋，而市场需求量大的绿壳蛋产量的增加可以提高静原鸡产业的经济效益。为了探究静原鸡蛋壳颜色调控机制，本研究以静原鸡为研究对象，收集300日龄粉壳和绿壳蛋进行蛋品质测定分析，并对其蛋壳腺进行转录组测序分析，结合前期课题组简化基因组测序数据,联合分析筛选调控蛋壳颜色的相关基因。主要研究结果如下: 1、通过对静原鸡300日龄绿壳和粉壳蛋品质测定分析，结果表明，绿壳蛋的蛋壳厚度极显著大于粉壳蛋(P＜0.01);而粉壳蛋的哈氏单位、蛋黄重、蛋黄比率则极显著高于绿壳蛋（P＜0.01）。 2、100个样品的简化基因组测序，共产生88.64Gb Clean Data,Q30达到92.72％以上,产粉壳蛋和产绿壳蛋的静原鸡分别鉴定出232465和241008个SNPs标记，基于SNPs标记对静原鸡蛋壳颜色进行全基因组关联分析（GWAS）,筛选出SLCO1C1和SLCO1A2等54个与蛋壳颜色有关的基因。 3、通过对静原鸡300日龄绿壳和粉壳蛋壳腺进行转录组测序分析，筛选出277个差异表达基因（DEGs）,其中85个基因显著上调，192个基因显著下调;GO和KEGG分析发现，DEGs在调控蛋壳颜色（亚油酸新陈代谢、亚麻酸代谢和花生四烯酸代谢）和黑色素沉着（酪氨酸代谢、黑素生成、粘着斑以、钙信号通路）相关的通路中显著富集。 4、通过全基因组关联分析和转录组联合分析共筛选到两个可能调控蛋壳颜色的基因EDN3和ZNF831。 综上所述，静原鸡粉壳和绿壳蛋的蛋品质存在一定差异，本研究以基因组学和转录组学联合筛选出的基因可作为调控蛋壳颜色的候选基因，为进一步研究蛋壳颜色形成的分子调控机制及地方鸡种蛋品的开发利用提供基础信息，为静原鸡壳色选育提供分子遗传标记。
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