摘要
【目的】 1.寻找胶质瘤中与氧化应激相关的差异基因,并识别起潜在调控作用的lncRNA。 2.尝试构建氧化应激lncRNA的多因素Cox比例风险回归模型,并区分不同风险亚组,从临床病理特征、预后、功能通路、药物敏感性及免疫细胞浸润等角度评估亚组差异。 【方法】 1.从TCGA数据库中检索胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)的RNA测序数据和相应的临床数据,通过相关性分析确定了氧化应激相关的lncRNAs(ORLs),构建6-ORLs多因素Cox预后模型,并验证其预测效果。通过基因富集分析推断6-ORLs相关mRNAs的生物学功能和分子通路,使用贝叶斯网络预测通路和基因之间可能的调控关系。通过RT-qPCR验证6-ORLs在U87/U251/T98/U138和HA1800细胞系的表达水平。 2.使用不同的免疫浸润评分算法,综合评价不同风险评分(RS)亚群的免疫细胞丰度和免疫功能。评估RS与肿瘤突变负荷(TMB)以及抗肿瘤药物敏感性之间的相关性。 【结果】 1.构建了由AC083864.2、AC107294.1、AL035446.1、CRNDE、LINC02600和SNAI3-AS1构成的6-ORLs预后风险模型,并证明了其在TCGA训练队列、验证队列和CGGA测试队列中稳健的预后预测能力。风险评分在临床病理变量的多因素Cox分析中被验证为独立的风险因素。用风险评分建立的Nomogram对患者的总生存期(OS)有很强的预测功效,并将列线图制成交互式网页版,以便临床医师在线查询。 2.高低风险亚组的生物学功能和分子通路、肿瘤突变负荷、药物敏感性、免疫细胞浸润均存在显著差异。高风险亚组的患者呈现出明显的巨噬细胞M0、M2和癌症相关成纤维细胞浸润的免疫微环境,并与较差预后相关。 3.RT-qPCR表明,6-ORLs在胶质瘤细胞系U87/U251/T98/U138和人正常星形胶质细胞系HA1800中存在表达差异。 【结论】 由6-ORLs构成的胶质瘤预后模型可以稳健预测患者预后,其不同风险亚组在肿瘤突变负荷、药物敏感性、肿瘤免疫微环境等方面存在显著差异。高风险亚组中M2型巨噬细胞的占比高于单核细胞,低风险亚组反之。