摘要
目的：基于癌症基因组图谱（TCGA）和生物基因数据库（GEO）中三阴性乳腺癌（TNBC）的mRNA测序数据进行生物信息学研究，并利用CistromeCancer数据库分析TNBC的转录因子基因及其生物学功能，同时结合预后模型以挖掘出与TNBC发生、发展及预后相关的关键基因；此外，采用体外细胞实验进行初步验证，为临床TNBC预测预后及诊治提供潜在的分子靶点。 方法：1）从TCGA和GEO数据库下载TNBC基因表达数据，从CistromeCancer下载转录因子集，并通过“limma”R软件包获取差异基因，将上述数据取并集获取差异表达的转录因子，构建预后模型，根据中位风险等级评分将患者分为高风险组和低风险组，比较两组间的生存差异。同时，使用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建相互作用网络以分析目的基因的功能。2）通过shRNA质粒沉默TNBC细胞系SUM159细胞中的目的基因表达，并进行细胞增殖、克隆形成和迁移能力检测，然后从中提取总RNA进行RNA-seq和生物信息学分析探讨目的基因调控TNBC的关键信号通路。此外，通过hTFtarget数据库预测TNBC中差异表达的转录因子，同时结合RNA-seq结果寻找目的基因可能调控的靶基因，并对相关基因进行qPCR实验验证。 结果：利用TCGA、GSE37751/GSE53752和CistromeCancer数据库筛选获得7个共同的差异表达转录因子：KLF4、MYH11、PPARG、MYBL2、EZH2、FOXM1和EGR1。同时，预后模型分析表明FOXM1与TNBC患者预后密切相关。此外，体外细胞实验证实沉默SUM159细胞中的FOXM1表达能够显著抑制TNBC的细胞增殖、克隆形成和细胞迁移等能力；RNA-seq分析结果显示FOXM1可能是通过调控下游蛋白激酶活性和基因转录影响TNBC细胞周期和细胞增殖。hTFtarget预测分析及qPCR实验初步证实FOXM1沉默能够显著下调IGFBP3、GDF15和WNT5B的mRNA水平，FOXM1可能通过调控这三个基因的转录而影响TNBC的肿瘤进展。 结论：基于生物信息学和初步的实验验证，本论文确定了FOXM1在TNBC中的关键作用和机制，FOXM1基因与TNBC发生发展密切相关，未来或许可以成为TNBC预后诊断的生物标志物和治疗靶点，FOXM1抑制剂可能是TNBC的潜在治疗药物，能够为其提供潜在的临床诊疗方案。
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