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基于GEO和TCGA数据库分析miR-205在卵巢癌中的表达及临床意义

张玉

基于GEO和TCGA数据库分析miR-205在卵巢癌中的表达及临床意义

张玉1
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作者信息

  • 1. 河北医科大学
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摘要

目的: 1.利用临床资料探究CA125水平与卵巢癌(Ovarian Cancer,OC)临床特征的关系,分析其在卵巢癌中应用局限性,提出开发特异性强、准确率高的OC肿瘤标志物的迫切需要。 2.文献学习和应用数据库大样本优势,通过分析 miR-205 ( microRNA-205 )表达量与各临床特征相关性以及靶基因功能,发掘miR-205在OC中的临床意义与应用价值。 方法: 1.回顾性研究27例2014年1月1日至2023年1月1日就诊河北医科大学第三医院并确诊OC的患者,纳入标准为:1)初次于我院诊断为OC患者,包括浆液性癌、子宫内膜样腺癌、透明细胞癌、黏液性癌、成年型颗粒细胞瘤及生殖细胞恶性肿瘤等;2)住院期间有明确临床分期;3)治疗前曾行CA125检查。符合筛选标准的患者纳入研究后收集相关临床资料,包括CA125检测值、手术、化疗及病理资料,分析CA125与各临床特征的关系。 2.以“‘ovarian cancer’and‘miRNA’and‘homo sapiens’”为检索关键词,筛选具有正常组织对照的卵巢癌数据集GSE53829,下载后通过GEO数据库自带分析工具GEO2R分析,确定miR-205为卵巢癌组织中高表达最显著的miRNA分子。 3.TCGA数据库中下载卵巢癌患者miR-205表达量及临床数据,分析不同临床特征与miR-205表达量的关系。 4.利用miRNA靶基因数据库miRTarbase对miR-205的靶基因进行预测。采用在线工具DAVID进行GO(Gene Ontology)及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,对靶基因功能进行多方面描述。 5.筛选关键靶基因并绘制蛋白互作(Protein-Protein Interaction,PPI)网络图,了解关键靶基因间相互作用关系。 6.利用GEPIA2(Gene Expression Profling Interactive Analysis 2)数据库分析关键靶基因在卵巢癌中的表达特征及对生存时间的影响。 结果: 1.对27例患者临床分析后,CA125水平在年龄>59岁、临床分期为III-IV期、有周围或远处转移的患者中更高。 2.在GSE53829数据集的45例卵巢癌样本中,miR-205表达最显著的miRNA。 3.在TCGA数据库497例卵巢癌中,miR-205的表达量与静脉血管浸润(t=-1.998,P=0.048)有关,与诊断年龄(t=0.818,P=0.414)、临床分期(t=0.812,P=0.417)、肿瘤分级(t=-1.455,P=0.146)、淋巴浸润(t=-1.409 P=0.161)、肿瘤残余(t=-0.57,P=0.569)、生存结局(t=-0.676,P=0.500 )、是否手术(t=-0.683,P=0.502)及初始治疗效果(t=1.449,P=0.148)无关,推测miR-205促进OC血行转移,miR-205在卵巢癌中的表达量不受年龄、肿瘤分期及分级、淋巴浸润等因素的影响。 4.富集分析提示:在细胞组成(Cellular Component,CC)上,靶基因功能主要富集于细胞核、细胞液、细胞质、核质、细胞膜等;在分子功能(Molecular Function,MF)上,靶基因功能主要富集于蛋白结合位点、酶结合位点、RNA聚合酶II核心启动子近端区序列特异性DNA结合等;在生物过程(Biological Process,BP)中,miR-205相关靶基因功能主要富集于RNA聚合酶II启动子转录调控、细胞循环及细胞对缺氧的反应等;在信号通路(KEGG)中,靶基因功能主要与癌症相关的micRNAs、癌症中的转录失调、内分泌耐药、调控干细胞多能性以及乳腺癌、动脉粥样硬化、前列腺癌等疾病信号通路和p53信号通路等相关。 5.利用STRING数据库结合Cytoscape软件选取前10位关键靶基因,在GEPIA2数据库中分析关键靶基因在卵巢癌与正常卵巢组织中表达量差异,SRC、CDK1和VEGFA在卵巢癌组织中有显著高表达(P<0.05) ,FIGO II期的卵巢癌与FIGO III期相比,SRC、VEGFA、BRCA1、SMAD4有显著高表达(P<0.05),进一步生存分析提示10个关键靶基因对生存时间没有影响。 结论: 1. CA125在高龄、肿瘤分期较晚和肿瘤转移患者中升高明显,其表达水平受多种因素影响; 2. miR-205在卵巢癌组织中高表达,其表达水平可能与OC的静脉浸润有关,推测miR-205参与OC血行转移; 3.通过靶基因的功能及信号通路富集分析提示,miR-205的靶基因存在于各细胞组分中,通过调节转录或翻译或参与信号通路来发挥作用,为卵巢癌的靶向治疗提供新思路; 4. miR-205的靶基因SRC、CDK1、VEGFA在卵巢癌中高表达,提示miR-205通过相关靶基因在卵巢癌中起促癌作用。

关键词

卵巢癌/非编码RNA-205/基因表达/生物学功能

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授予学位

硕士

学科专业

妇产科学

导师

王璟

学位年度

2023

学位授予单位

河北医科大学

语种

中文

中图分类号

R73
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