摘要
目的: 人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus,HIV）感染人体后引起的艾滋病是严重威胁人类健康重大传染病，控制其传播是疫情防控的主要工作之一，而基于病毒基因相似性的HIV分子传播网络可以重建HIV传播历史，实时监测网络扩展，并评估个体的HIV传播风险，以实现精准的干预和控制。构建分子传播网络最重要的参数之一是遗传距离（Genetic distance,GD）的阈值，它依据不同感染者携带病毒的相似程度推断潜在的传播关系，并可区分快速扩张的传播簇，辅助精准干预。由于不同HIV亚型的病毒进化速率不同，已有的B亚型的分子传播网络参数不适用于非B亚型。下一代测序相比于Sanger测序更能准确地反映感染者体内的病毒准种分布情况，因此，本研究拟应用下一代测序技术优化构建我国常见的CRF01_AE亚型HIV分子传播网络的GD阈值范围，为科学构建HIV分子传播网络，指导精准干预提供实验依据。 方法: 从2009-2014年男男同性性行为者的HIV感染者队列中，选择有流行病学联系的12组传播对的59份样本中，获得了基线点CRF01_AE pol区序列（HXB2:2253-3300base pairs,bp）的Sanger测序结果和各个采样点CRF01_AE pol区（HXB2:2868-3320bp）的下一代测序数据。采用Mega7.0.14Tamura-Nei93模型计算任意两条序列之间的GD。收集2016-2019年沈阳市新报告HIV感染者2019条CRF01_AEpol区（HXB2:2253-3300bp）序列及新近感染（Recent HIV infection,RHI）信息。应用不同GD阈值构建CRF01_AE分子传播网络。 结果: 1.本研究共纳入12例传播对，23例患者（R2D3既是受者，也是供者），其中17例急性期感染者，6例慢性期感染者，共59个采样点。其中4个（6.8％）采样点在传播事件发生前1年内，22个（37.3％）采样点在传播事件发生后1年内，21个（35.6％）采样点在1-2年内，9个（15.3％）采样点2-3年内，3个（5.1％）采样点在3-4年内。 2.传播对59个采样点下一代测序结果质量通过Fast QC（version0.11.7）软件评估为Per base sequence quality的平均值为83％（范围:73％-92％）,Per sequence quality scores的平均值为84％（范围:78％-89％）。每个样本平均有4个准种（范围:1-23个），每个序列平均读取数为49969reads（范围:118-411775reads）。 3.传播事件发生后的1-4年内，来自同一传播对的供、受者的任意病毒序列间的平均GD分别为0.008（95％CI:0.007-0.009）、0.011（95％CI:0.010-0.011）、0.013（95％CI:0.012-0.014）和0.023（95％CI:0.022-0.023）substitutions/site（subs/site）。 4.当GD在≤0.013subs/site时，反映真实传播关系的GD值占比在88％以上，是可以接受的，当GD=0.023subs/site时反映真实传播关系的GD值占比在40.4％,是不能接受的。 5.采用不同的GD阈值构建2016-2019沈阳市CRF01AE分子传播网络时，网络内RHI的占比随着GD阈值的增加（0.001-0.021subs/site）而逐渐增加（16.6％-92.3％）,而与RHI连接的占比则逐渐下降（87.0％-48.2％）。两条曲线相交于0.008subs/site。 结论: 本研究获得了构建CRF01_AE分子传播网络的GD阈值范围（0.008-0.013subs/site）,可用于识别发生在3年内的具有潜在传播关系的个体。本研究为选择合适的GD阈值构建CRF01_AE亚型分子传播网络提供了重要数据支持，对优化其他非B亚型毒株的GD阈值提供了借鉴。
NETL