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基于网络药理学与分子对接探讨槐角丸治疗痔病作用机制研究

张婷

基于网络药理学与分子对接探讨槐角丸治疗痔病作用机制研究

张婷1
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作者信息

  • 1. 陕西中医药大学
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摘要

目的: 通过网络药理学对槐角丸治疗痔病进行机制研究,探讨槐角丸治疗痔病潜在的分子靶点和信号通路,同时利用分子对接技术明确关键分子靶点与有效活性成分的结合稳定性。 方法: 利用TCMSP(中药系统药理学分析平台)数据库,筛选槐角丸6味中药的活性成分及靶点,通过UniProt数据库将其靶点名称标准化。接下来使用 Cytoscape3.9.0软件构建槐角丸“药物-活性成分-靶点”网络图,将槐角丸活性成分与靶点基因以及彼此之问的关系清晰的表现出来。并通过GeneCards数据库,以“Hemorrhoid”为搜索词,获得痔病的相关靶点,借助Venny2.1.0平台得到槐角丸与痔病共同靶点。将上述共同靶点上传至STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络图。通过介度中心度、紧密中心度、结点连接度值进一步筛选出关键靶点。将关键靶点上传至DAVID数据库进行PPI网络分析及基因本体分析(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并借助Bioninformatics(微生信平台)绘制GO和KEGG气泡图。使用Cytoscape3.9.0软件构建“药物-成分-靶点-通路”网络图。将主要成分与核心靶点通过AutoDock Tools 1.5.6软件进行分子对接后采用 PyMOL Stereo 3D Zalman软件可视化处理。 结果: 筛选得到槐角丸治疗痔病的活性成分63个,“药物-疾病”共同靶点43个,通过网络拓扑图显示肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白介素-6 (interleukin-6,IL-6)、血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、纤维蛋白1(Fibronectin 1,FN1)、 白介素-1β(Interleukin-1 Beta, IL-1β)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,AKT1)、基质金属蛋白酶-9(Matrix Metalloproteinase-9,MMP9)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、白介素10 (Interleukin-10,IL-10)、细胞肿瘤抗原53 (Cellular Tumor Antigen P53,TP53)等为核心靶点。槐角丸治疗痔病关键活性成分是 Kaempferol(山柰酚)、Baicalein(黄芩苷)、Naringenin(柚皮素)、Nobiletin(川陈皮素)、Stigmasterol(豆甾醇)等。GO功能富集分析得到GO条目439条,其中生物过程(Biological Process,BP)条目365个、分子功能(Celluar Component,CC)条目30个、细胞组成(Molecular Function,MF)条目44个。KEGG通路富集得到115条信号通路,涉及AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、Pathways in cancer 、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress andamp;nbsp;atherosclerosis 、Proteoglycans in cancer、PI3K-Akt signaling pathway、TNF signaling pathway等。分子对接结果显示核心活性成分与关键靶蛋白之间的最低结合能均低于-5kcal/mol,说明它们之间具有良好的结合活性,能形成稳定的结合构象。 结论: 本研究运用网络药理学方法及分子对接技术深入研究了槐角丸治疗痔病的活性成分、关键靶点及作用通路。预测槐角丸关键成分kaempferol(山柰酚)、baicalein(黄芩苷)、naringenin(柚皮素)、nobiletin(川陈皮素)、Stigmasterol(豆甾醇)通过 TNF、IL6、VEGFA、FN1、IL-1β、AKT1、MMP9、EGFR、IL10、TP53等关键靶点,作用于癌症相关信号通路、AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt相关信号通路发挥生物学活性。

关键词

槐角丸/痔病/网络药理学/分子对接

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授予学位

硕士

学科专业

中医外科学肛肠方向

导师

刘建平

学位年度

2023

学位授予单位

陕西中医药大学

语种

中文

中图分类号

R2
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