摘要
目的 了解云南省昆明市、大理市以及鹤庆县水鸟携带病毒谱和冠状病毒（Coronavirus,CoV）感染现状，云南省西双版纳傣族自治州、保山市以及怒江傈僳族自治州蝙蝠和鼠形动物携带CoV的感染。了解这些宿主动物携带病毒的种类和多样性，明确CoV遗传进化特征，评估CoV跨种传播的风险，为相关疾病的防控提供科学指导。 方法 2021年12月~2022年10月，选择云南省昆明市（翠湖公园、大观公园和海埂大坝）、大理市（挖色镇小普陀、龙龛古渡、小邑庄）和鹤庆县（东草海小岛、西草海小岛）3个市县8个采样点，采集水鸟的粪便样品。使用二代测序获得水鸟粪便样品中的病毒谱。利用RT-PCR方法检测水鸟粪便样品中的CoV感染情况，了解采样点水鸟CoV的感染现状。在云南省勐海县、腾冲市采集蝙蝠粪便样本，在云南省贡山县采集鼠形动物肠组织样本。将所有样本经RT-PCR扩增获得CoV的病毒RNA依赖性RNA聚合酶（RNA-dependentRNApolymerase，RdRp）部分基因序列。使用excel和在线软件对高通量测序结果进行统计分析，使用Geneious、GENEDOC、BioAider、Seqman、MEGAX、Mafft软件对序列进行生物信息学分析。 结果 在上述8个采样点共采集红嘴鸥（Chroicocephalusridibundus）、赤麻鸭（Tadornaferruginea）、白鹭（Egrettagarzetta）、灰雁（Anseranser）、斑头雁（Anserindicus）、白眼潜鸭（Aythyanyroca）等600份水鸟粪便样品。从云南省昆明市水鸟粪便样品KMWB1和KMWB2中测序分别获得9749084个序列数和8724374个序列数，分别包括了62个和69个病毒科以及未分类病毒；从云南省大理市水鸟粪便样品DLWB1中测序共获得3939010个序列数，这些序列数包括了59个病毒科和部分未分类病毒；从云南省鹤庆县水鸟粪便样品HQWB1和HQWB2中测序分别获得1558752个序列数和4381502个序列数，分别包括了55个和58个病毒科以及未分类病毒。昆明市的两个样本（KMWB1、KMWB2）之间存在相同的病毒科59种，鹤庆县的两个样本（HQWB1、HQWB2）中存在相同病毒科47种。与鸟类感染相关的病毒科在DLWB1共含有序列数1838002个，KMWB1共含有序列数1365256个，KMWB2共含有序列数5504912个，HQWB1中共含有序列数7392个，HQWB2共含有序列数8250个。 对600份水鸟粪便样品进行检测，共检测到28份CoV阳性样品，δ-CoV阳性率为2.67%，γ-CoV总阳性率为2.00%。其中16份来自红嘴鸥的δ-CoV阳性样品，在核苷酸和氨基酸水平上均显示出与来自红嘴鸥的OL311150.1HNU4-1显示出高度相似性。3份来自红嘴鸥和9份来自赤麻鸭的γ-CoV阳性样品，其中来自赤麻鸭的HQ40、HQ44与来自鸻形目鸟类的OM970113.1AcoVPrimorsky_Krai相似性最高，而来自赤麻鸭的HQ18、HQ19、HQ20、HQ29和来自红嘴鸥的KM7、KM12、KM15这7株与来自红嘴鸥的MK617367.1Poland-P131的相似性最高。 对410份蝙蝠粪便样品和134份鼠形动物肠组织样本进行检测，共检测到3份CoV阳性样品，其中1份为α-CoV阳性样品，2份为β-CoV阳性样品。α-CoV阳性率为0.29%，β-CoV阳性率为1.49%。来源于蝙蝠粪便的TC-14α-CoV阳性样本的与来自中菊头蝠（Rhinolophusaffinis）的CoV-HKU2相似性最高。来源于贡山县的长尾姬鼠（Apodemusilex）GS-53和GS-56β-CoV阳性样品与来自大林姬鼠（Apodemuspeninsulae）的RtAp-CoV/SAX201相似性最高。 结论 昆明市、大理市和鹤庆县采样点的水鸟中携带60余种病毒科，揭示水鸟携带病毒的多样性。水鸟中检测出δ-CoV和γ-CoV，其中δ-CoV与红嘴鸥HUN4-1亲缘性最高，γ-CoV与来自红嘴鸥和鸻形目的鸟类γ-CoV有较高亲缘关系，存在跨种传播。3株来自鹤庆县赤麻鸭的γ-CoV与γ-CoV的亚属都显示出较远的亲缘关系，是新的病毒种。腾冲市采样点蝙蝠粪便样本中检测到的CoV和菊头蝠（Rhinolophusluctus）的HKU2亲缘关系最近，属于Alphacoronavirus的Rhinacovirus亚属。从贡山县捕获的长尾姬鼠（Apodemusilex）的肠组织中检测到的CoV显示出与大林姬鼠（Apodemuspeninsulae）CoV/SAX2015有较为亲近的关系，属于Betacoronavirus中的Embecovirus亚属。
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