摘要
四川山鹧鸪(Arborophilarufipectus)是我国特有的野生鸟类，属于一级重点保护野生动物。四川山鹧鸪肠道微生物多样性与其自身健康息息相关，为了解保护区内野生四川山鹧鸪的肠道微生物的多样性以及健康状况，本试验夏季和秋季采集了野生四川山鹧鸪和白鹇的粪便。利用传统培养方法和高通量测序技术，对样本进行了细菌、真菌、寄生虫的多样性分析。试验结果如下： 1.细菌方面：使用16SrRNA高通量测序技术和细菌的分离鉴定，对四川山鹧鸪的粪便细菌进行分析。四川山鹧鸪的肠道细菌多样性和丰富度要高于白鹇，其中夏季的粪便物种丰度最高。优势的门有变形杆菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门。优势的属有志贺氏菌属、赖氨酸芽胞杆菌属、Bacteroidales_unclassified、肠球菌属和梭状芽孢杆菌属等。发现了部分潜在致病菌如：志贺氏菌属、梭状芽孢杆菌属、假单胞菌属和不动杆菌属等。功能分析上发现3组都有关于细胞生长和死亡相关的基因，在分离鉴定上也分离到了志贺氏菌，说明部分四川山鹧鸪和白鹇个体可能有细菌感染。 2.真菌方面：使用ITSrRNA高通量测序技术和真菌的分离鉴定，对四川山鹧鸪的粪便真菌进行分析。四川山鹧鸪和白鹇的肠道微生物多样性和丰富度没有差异。优势的门有子囊菌门、担子菌门、接合菌门，优势的属有Ascomycota_uncla-ssified、Fungi_unclassified、大孢枝孢菌属、亚隔孢壳属、Pleosporaless_unclassif-ied、威克汉姆酵母属和Helotiales_unclassified，发现了潜在致病真菌，如隐球菌属、毛孢子菌属、念珠菌属等。 3.寄生虫方面：使用18SrRNA高通量测序技术，对四川山鹧鸪的粪便进行分析，三组之间没有明显差异。在门水平上，有棘头动物门、线虫动物门、顶复动物亚门、扁形动物门。在属水平上，有斜吻棘头虫属、Eimeriidae_noname、Conoidasida_noname、Cryptosporidiidae_noname、膜壳绦虫属、Nematoda_noname、阔盘吸虫属、肉孢子虫属、疟原虫属、类圆线虫属、异刺线虫属、弓形体属等。 本试验是国内首次对于四川山鹧鸪肠道微生物多样性的研究，对四川山鹧鸪的肠道健康、疾病监测、预警和防控具有十分重要的现实意义。
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