摘要
我国有着悠久的驴养历史，驴作为传统役用家畜，驴肉、驴奶都有着丰富的营养价值，但由于驴的繁殖效率低下，严重制约了养驴业的集约化发展。为提高阳原驴繁殖力，探索影响阳原驴产仔数的遗传基础，筛选发掘驴多产的分子标记物，血液转录组以4头产双仔母驴和5头产单仔母驴共9头健康空怀经产阳原驴母驴的静脉全血为样本进行转录组高通量测序，与参考基因组对比后，筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行GO功能聚类分析及KEGG通路富集，筛选与产仔数相关的基因。采用PCR-SSCP法对74头阳原驴母驴进行候选基因多态性检测，血液转录组筛选出的繁殖候选基因IGF1和INSR基因及查阅文献获得的候选基因GDF9和BMP15基因进行SNP位点检测，分析阳原驴群体组候选基因基因遗传多态性，并对其遗传多态性与产仔数进行关联性分析。结果如下： 1.双仔组与单仔组血液转录组共筛选出1336个差异表达基因，其中723个基因在双仔组中表达显著上调，613个基因表达显著下调。GO功能富集分析显示差异基因主要在受体活性、信号转导等功能中富集，KEGG通路富集显示卵巢类固醇生成和雌激素信号通路在富集通路前20位，并分析筛选出IGF1、IGF1R、INSR和ADCY3共4个与产仔数相关的候选基因。不同产仔数母驴在卵巢类固醇生成和雌激素信号通路存在显著差异，候选基因IGF1、IGF1R、INSR和ADCY3基因参与卵巢激素分泌且均在产双仔组中表达上调。 2.研究发现阳原驴IGF1基因第1内含子g.16163A＞G位点发生突变，其杂合基因型（AG）母驴平均产仔数显著高于野生纯合型（AA）；在INSR基因第二外显子上发生错义突变，g.18264G＞C位点在产双仔组和产单仔组中基因型频率差异显著。在GDF9基因上发现g.279G＞C和g.451G＞A两个位点发生错义突变，导致GDF9第一外显子蛋白质二级结构发生变化；在BMP15基因上发现同义突变位点g.507A＞G，g.739G＞A位于内含子上。GDF9基因g.279G＞C、g.451G＞A位点和BMP15基因g.507A＞G位点在产双仔组中基因型频率与群体组存在显著差异；GDF9基因g.451G＞A位点和BMP15基因g.507A＞G、g.709G＞A位点突变纯合型平均产仔数均显著低于杂合型；BMP15基因g.709G＞A位点的纯合突变型（AA）在产双仔组中未被发现。群体组基因突变位点经Hardy-Weinberg定律检测，IGF1基因g.16163A＞G位点、INSR基因g.18264G＞C和BMP15基因g.739G＞A位点处于平衡状态，其余位点均处于不平衡状态。综上，IGF1基因g.16163A＞G位点、INSR基因g.18264G＞C、GDF9基因g.279G＞C、g.451G＞A位点和BMP15基因g.507A＞G、g.739G＞A位点可作为阳原驴产仔数选育的候选标记。
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