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摘要
新疆目前已有4个地方品种鸡列入国家家禽遗传资源名录，南疆地区分布有3个，虽分布范围广但品种命名局限性强。在2021年新疆地州组织申报了也迷离鸡、小宛鸡、安坚鸡等新的地方品种鸡。2010年在和田地区发现了“安坚鸡”，其毛色与体型类似和田昆仑山的家鸡，但体格较大，冠型、毛色和皮肤颜色与新疆原始斗鸡相似，但无斗性，且具有长鸣声。和田地区家禽遗传资源丰富，在和田昆仑山深处调查发现当地家鸡毛色极为丰富，但列入国家遗传资源的和田黑鸡仅为和田家鸡的一种毛色类型，不能代表所有的和田家鸡。因此为揭示安坚鸡、斗鸡与和田地区家鸡之间的遗传关系，本研究统计分析了300只安坚鸡（公母比为1∶4）、1000只和田家鸡（公母比为1∶5）和250只吐鲁番斗鸡（公母比为1∶5）的外貌特征，3个鸡群各50只（公母各半）的体尺体重，96只安坚鸡公鸡的鸣声长短；并对3个鸡群各选取10只（公母各半）进行全基因组重测序，结合NCBI中红色原鸡、白来航鸡、皖北斗鸡等11个国内外地方品种鸡群和斗鸡群的全基因组重测序数据，综合分析群体遗传多样性和群体结构，为后续育种工作提供素材，并为新遗传资源的申报和本地家鸡的保护提供科学依据。研究结果如下： 1、南疆3个地方鸡群表型多样性分析 本研究对3个群体成年鸡的颈羽、背羽、胸腹羽、翼羽、尾羽、肉髯、皮肤、胫和喙的颜色以及冠型、喙型、虹彩、裸颈等外貌特征进行观察分析，发现安坚鸡、和田家鸡和吐鲁番斗鸡均具有丰富的表型多样性，且安坚鸡兼具和田家鸡和吐鲁番斗鸡的外貌特点。平均体重安坚鸡（公3706.32±504.05 g，母2669.64±372.57 g）、和田家鸡（公2495.00±793.63 g，母2024.69±351.45 g）、吐鲁番斗鸡（公3164.20±345.86 g，母2179.45±212.58 g），体斜长安坚鸡（公27.40±2.19 cm，母23.73±1.35 cm）、和田家鸡（公21.83±4.64 cm，母19.08±2.00 cm）、吐鲁番斗鸡（公27.65±1.90 cm，母23.37±1.35 cm）可以得知3个鸡群均体格高大。安坚鸡平均连续啼鸣长度6.02秒，统计所得最长鸣声为11.20秒。 2、南疆3个地方鸡群遗传多样性分析 全基因组重测序检测到26314583个SNP，Ts/Tv为2.4235，2655655个InDel，Q30占比92.38%， N占比0.0020%，GC含量44.07%，平均测序深度为9.57×，覆盖率94.76%，测序数据质量高。由期望杂合度（He）、观测杂合度（Ho）、核苷酸多样性（Pi）、近交系数（Fis）等指标和LD衰减及Tajima''s D值分析可知，安坚鸡Pi=0.2591低于和田家鸡的0.2855和吐鲁番斗鸡的0.2830，Fis值0.3048为14个群体中最大值，LD衰减速度低于和田家鸡和吐鲁番斗鸡，表明安坚鸡遗传多样性较低，和田家鸡和吐鲁番斗鸡遗传多样性较丰富。选择性清除分析结果表明3个鸡群差异基因主要富集在生长和免疫等方面。 3、南疆3个地方鸡群群体结构分析 本研究从系统进化树、PCA分析和群体结构分层图可知，14个群体分为3个分支，其中南疆3个鸡群中吐鲁番斗鸡与和田家鸡、安坚鸡分为不同的两支，和田家鸡和安坚鸡亲缘关系非常近但都有其独特的遗传背景，K=2时祖先成分最佳，表明3个鸡群可能存在多起源；群体分化指数Fst表明3个鸡群处于中等程度分化；IBS相似度矩阵和全基因组关系矩阵结果可知，安坚鸡、和田家鸡和吐鲁番斗鸡关系较近。基因流分析得知3个鸡群之间存在基因交流。 综上所述，安坚鸡兼具和田家鸡和吐鲁番斗鸡的外貌特征，安坚鸡遗传多样性较其他两个群体低，3个鸡群为多起源，鸡群间有基因交流现象，安坚鸡具有独特的长鸣性状和遗传背景。
关键词
地方鸡群/遗传多样性/群体结构/全基因组重测序引用本文复制引用
授予学位
硕士学科专业
畜牧学导师
格明古丽·木哈台/Baimukanov Dastanbek学位年度
2024学位授予单位
塔里木大学语种
中文中图分类号
S8