摘要
日本沼虾（Macrobrachium nipponense）在我国水产养殖业中具有重要的经济地位，是我国水产养殖业中分布较为广泛的一种淡水经济虾类。本研究首先对样品不同保存条件进行了评估，以期找出最适保存方式。通过对 22 个日本沼虾群体进行遗传多样性及遗传结构分析，可以对当前日本沼虾种质资源进行初步评价，为种质资源的评价及良种的选育提供一定的理论数据支撑。通过对DNA完整度（DIN）的测定，寻找最佳保存方式；然后对日本沼虾不同群体 D-loop 区段序列进行 PCR 扩增测定，通过BioEdit、DNasp5、WinArl35等分析软件进行序列遗传多样性分析；最后通过MEGA5.1计算群体间遗传距离并构建 NJ 进化树，对日本沼虾群体遗传结构及遗传分化进行分析。研究结果如下： 1.通过对不同保存方式的保存质量进行评估，根据DNA完整值(DIN值)得出：保存时间小于三个月时，-80℃液氮保存为最佳保存方式；在保存时间超过三个月时，对于在出海、野外调查等艰苦条件下的采样，-20℃冰冻保存为最佳保存方式；对于实验室采样，-80℃液氮保存为最佳保存方式。 2.通过对22个日本沼虾群体（四川德阳、黑龙江抚远、内蒙古巴彦淖尔、山西偏关4个城市，云南滇池、新疆博湖、洪泽湖、鄱阳湖、太湖、微山湖6个湖泊，闽江、南渡江、嫩江、瓯江、珠江5条江，长江九江段、长江嘉陵江段、长江武汉段、长江宜昌段4个江段，黄河东营段、黄河三门峡段、黄河银川段3个江段）遗传多样性分析 22 个日本沼虾群体的 1110 bp 序列中共检测到 348 个变异位点，221 种单倍型；22 个日本沼虾群体的 475 个个体 mtDNA D-loop 区序列中，测得 A、T、G、C 四种核苷酸的平均比例分别为43.83%、35.37%、8.64%、12.16%，A+T含量为79.20%，G+C含量为20.80%，证明日本沼虾线粒体D-loop中富含A+T，表现出较高的碱基偏倚性；其中黑龙江抚远群体单倍型数目最多，为24个，鄱阳湖群体次之为22个，内蒙古巴彦淖尔群体和嫩江群体的单倍型数目最少，仅有3个单倍型。Hap48为8个日本沼虾群体的共享单倍型，Hap19为7个群体共享，Hap4、Hap49、Hap64和Hap173为5个群体的共享单倍体；Hap69、Hap85和Hap182分别为个群体共享；Hap84、Hap89、Hap101、Hap102、Hap103、Hap107、Hap113、Hap176、Hap177、Hap180和Hap188均为两个群体所共享，其余单倍型为不同群体的特有单倍型，说明日本沼虾 mtDNA具有一定的多态性。从遗传多样性的参数来看，内蒙古巴彦淖尔与银川群体均表现为较低的遗传多样性，武汉和鄱阳湖群体均表现为高的遗传多样性，结果表明长江水系相比较其他水系表现出更高的遗传多样性，长江水系的日本沼虾种质较好。 3.对于22个日本沼虾群体遗传结构及遗传分化分析 南渡江与嫩江群体之间的群体遗传分化指数最大，证明地理障碍是群体间产生遗传分化的重要原因之一。NJ 进化树及错配分析结果显示同一水系不同地区的日本沼虾存在着一定程度的遗传分化且均未发生过快速的种群扩张。
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