首页|镰刀菌病毒鉴定与序列多样性分析

镰刀菌病毒鉴定与序列多样性分析

Irfan Ahmed

镰刀菌病毒鉴定与序列多样性分析

Irfan Ahmed1
扫码查看

作者信息

  • 1. 中国农业科学院
  • 折叠

摘要

镰刀菌是引发多种粮食和经济作物病害的重要病原真菌。由镰刀菌引起的小麦赤霉病(FHB)是影响小麦产量、威胁粮食安全生产的世界性病害。近年,由于气候变化、保护性耕作的实施以及小麦-玉米轮作等因素,小麦赤霉病呈明显加重发生态势。目前主要采用遗传育种和化学农药等手段来防治镰刀菌病害,但这两种方法都存在局限性。真菌病毒作为安全友好型的生防因子,受到国内外植保专家的广泛关注。本论文通过高通量测序等手段对镰刀菌病毒进行鉴定,并对病毒序列的多样性进行系统分析,为筛选具有生防功能的真菌病毒奠定资源基础。 1.首次在谷类镰孢菌(Fusariumcerealis)中鉴定到真菌病毒。本文从我国河南省的谷类镰孢菌(Fusariumcerealis)菌株HN30中鉴定一种新的双链RNA(dsRNA)病毒,即Fusariumcerealispartitivirus1(FcPV1)。FcPV1基因组由两个dsRNA片段组成,长度分别为1732bp(dsRNA1)和1361bp(dsRNA2),每个片段包含一个开放阅读框,分别编码分子量大小为61.0kDa蛋白和42.0kDa的蛋白。推测dsRNA1编码RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp),dsRNA2可能编码外壳蛋白(CP)。序列比对和系统发育分析显示,FcPV1的分类地位属于双分病毒科(Partitiviridae)新建议的病毒属Zetapartitivirus。 2.首次对镰刀菌中的真菌病毒多样性进行分析,证实镰刀菌病毒的广泛存在,而且存在多种新病毒。本文针对分离自玉米的镰刀菌利用RNA-Seq进行病毒种类鉴定。RNA-Seq测序后,使用NCBI数据库对RNA序列进行BLASTp分析,获得了43种病毒的部分或近全长基因组的序列,共计238个序列(contigs),其中包含26种新病毒。这43种真菌病毒分属于13个科,即Botourmiaviridae,Mitoviridae,Narnaviridae,Hypoviridae,Tymovirales,potyviridae,Alpha/Virga-like,Fusariviridae,Bunyavirales,Mononegavirales,Partitiviridae,Chrysoviridae和Polymycoviridae。在所鉴定的病毒中,单链正义RNA(+ssRNA)病毒占据优势,总共有28种。本论文未来需要进一步解析这些真菌病毒的分子特征,以及深入研究这些真菌病毒在防治镰刀菌病害中作用。

关键词

镰刀菌/病原真菌/作物病害/病毒鉴定/高通量测序

引用本文复制引用

授予学位

博士

学科专业

生物防治学

导师

郭立华

学位年度

2022

学位授予单位

中国农业科学院

语种

中文

中图分类号

S4
段落导航相关论文