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基于CDK抑制剂的PROTAC设计、合成及其生物活性研究

王思楠

基于CDK抑制剂的PROTAC设计、合成及其生物活性研究

王思楠1
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作者信息

  • 1. 山东理工大学
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摘要

恶性肿瘤是严重危害人类身体健康的重大疾病之一。细胞周期依赖性激酶(CDK)在细胞周期调控中具有重要作用,被视为癌症治疗最有潜力的靶点之一。然而,由于 CDK蛋白家族的高度同源性和相似性,导致传统 CDK抑制剂存在着选择性差和易脱靶等问题。鉴于此,迫切需要一种全新策略来开发新型CDK靶向药物。 蛋白水解靶向嵌合体(Proteolysis targeting chimera,PROTAC)是一类双功能分子,由目的蛋白配体(POI 配体)、连接链和 E3 连接酶配体组成。PROTAC与目的蛋白结合并募集E3连接酶形成三元复合体,从而实现目的蛋白的多泛素化,并最终通过泛素-蛋白酶体系统特异性降解。与传统的小分子药物不同,PROTAC 以独特的“事件驱动”作用模式发挥作用。因此,PROTAC 具有多重优势,包括高选择性、高催化活性及靶点亲和力要求低等。 基于上述研究背景,本论文主要工作如下: (1)优化了CDK抑制剂Milciclib的合成路线,合成了Milciclib作为生物实验的阳性对照。同时,分析Milciclib与 CDK2的分子对接模型,在确定结合位点的基础上对其溶剂暴露区的结构进行改造,得到了Milciclib衍生物。 (2)以Milciclib衍生物为POI配体,以CRBN配体和VHL配体为E3连接酶配体,通过改变连接链的类型、长度及连接E3连接酶配体的连接位点,设计并合成了22个PROTAC。通过 1H NMR、13C NMR以及HRMS等方法对合成过程中的关键中间体和目标化合物进行了结构表征。 (3)通过CCK8法对合成的22个PROTAC进行了体外抗肿瘤细胞增殖活性研究,并探讨了抗肿瘤细胞增殖活性与 PROTAC 结构的关系。结果表明,PROTAC 9 (A2780细胞中IC50值为47 nM,SF126细胞中IC50值为80 nM)表现出最佳的抗肿瘤活性。PROTAC 5、6和7在A2780细胞中也表现出优异的抗肿瘤活性,其IC50值为0.13 μM?0.87μM。随后,探讨活性与PROTAC结构的关系。首先,将同样以1, 4-丁二胺为连接链的 PROTAC 9(A2780 细胞中 IC50值为 47 nM)与 PROTAC 2 (A2780细胞中IC50值为42μM)进行对比可知,以5位取代CRBN配体为E3连接酶配体,可显著增强其抗肿瘤活性。其次,通过 PROTAC 9 与 PROTAC 7(连接链为1, 2-乙二胺,A2780细胞中IC50为0.13μM)、PROTAC 11(连接链为1, 6-己二胺, A2780细胞中IC50为5.3μM)对比可知,连接链的长度显著影响基于5位取代CRBN配体的PROTAC的抗肿瘤活性。其中,烷基链长度适中的PROTAC表现出最优异的抗肿瘤活性。 (4)通过Western Blot技术对具有良好抗肿瘤活性的PROTAC进行了蛋白降解实验。结果显示,PROTAC 9在 A2780细胞中时间依赖性的下调了CDK2和 CDK4蛋白的表达水平。目前,进一步的实验正在进行中。 综上所述,本论文以Milciclib衍生物为POI配体,设计合成并表征了22个新型PROTAC分子。通过CCK8法研究了其抗肿瘤活性,并探讨了PROTAC结构对抗肿瘤活性的影响。筛选出了多个具有显著抗肿瘤活性的PROTAC,并通过Western Blot实验研究了其蛋白降解能力。本研究为基于 CDK抑制剂的 PROTAC设计开发提供了重要参考,进一步验证了 E3连接酶配体及连接链的选择对 PROTAC活性的重要影响,并为 PROTAC技术在克服传统 CDK抑制剂选择性差和易脱靶等方面奠定了基础。

关键词

CDK抑制剂/蛋白水解靶向嵌合体/药物设计/化学合成/抗肿瘤活性

引用本文复制引用

授予学位

硕士

学科专业

生物学

导师

桑锋/崔玉婷

学位年度

2024

学位授予单位

山东理工大学

语种

中文

中图分类号

R9
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