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基于生物信息学技术探讨ARHGAP4在胶质瘤中的表达、功能与临床意义

田宇飞

基于生物信息学技术探讨ARHGAP4在胶质瘤中的表达、功能与临床意义

田宇飞1
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作者信息

  • 1. 南京医科大学
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摘要

目的:胶质瘤是一种常见的中枢神经系统恶性肿瘤,具有高致残率和高致死率的特点。RhoGTP酶激活蛋白4(RhoGTPasactivatingprotein4,ARHGAP4)是Rho蛋白酶家族的一种调节蛋白,在细胞生长、运动、迁移等过程中发挥重要的调节作用。ARHGAP4与结肠癌、胰腺癌等多种消化系统肿瘤相关,但在胶质瘤中尚无报道。基于此,我们综合运用多种生物信息学技术,探索ARHGAP4在胶质瘤发生发展中的可能作用。 方法:从中国脑胶质瘤基因组图谱(ChineseGliomaGenomeAtlas,CGGA)和肿瘤基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)中收集整理了胶质瘤患者的mRNA表达矩阵和临床数据,使用R语言对比了ARHGAP4在不同胶质瘤中的表达差异。通过富集分析获得了该基因的功能注释,并进一步探讨了其在胶质瘤免疫微环境中的作用。综合多种公共数据库分析了ARHGAP4在单细胞层面上的表达,并预测了该基因的蛋白互作、miRNA-基因互作与转录因子-基因互作网络。然后,绘制了ARHGAP4表达与患者预后的生存曲线,并将其作为危险因素构建预后列线图。最后,对ARHGAP4进行了初步的泛癌分析。 结果:ARHGAP4在恶性程度较高的胶质瘤中显著高表达,功能分析提示该基因在胶质瘤的炎症反应与免疫应答中发挥信号转导作用。进一步分析发现其与多种免疫细胞浸润和抑制性免疫检查点相关,可能促进了胶质瘤抑制性免疫微环境的形成与稳定。单细胞分析显示ARHGAP4主要定位于T细胞与巨噬细胞中。互作网络发现其与多种促癌因子存在可能的互作反应。生存分析发现,ARHGAP4高表达与患者不良预后显著正相关。泛癌分析显示该基因在结肠癌、肝细胞癌等数种其他肿瘤中高表达,并影响患者预后。同时,ARHGAP4可能在眼科肿瘤中发挥促血管生成等作用。 结论:ARHGAP4与胶质瘤恶性程度密切相关,是胶质瘤预后的一个独立危险因素。该基因在肿瘤抑制性免疫微环境中发挥重要作用,可能是胶质瘤免疫治疗的一个新靶点。

关键词

胶质瘤/肿瘤免疫微环境/血管生成

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授予学位

硕士

学科专业

外科学(神经外科)

导师

季晶

学位年度

2023

学位授予单位

南京医科大学

语种

中文

中图分类号

R73
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