摘要
目的：TP53是人类17号染色体上编码肿瘤蛋白p53的抑癌基因，是肺腺癌(lungadenocarcinoma,LUAD)中最常见的突变基因之一，其对调节肿瘤发生、发展至关重要。肺癌是目前我国发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一，尽管近年来肺癌免疫治疗不断取得突破，但肺腺癌作为其最主要的病理类型，其预后仍不容乐观。近期的研究发现，TP53基因突变不仅与肿瘤细胞表面免疫检查点的表达相关，还与肿瘤免疫微环境中免疫细胞浸润相关。然而TP53基因突变对肺腺癌免疫治疗的影响机制尚缺乏相应研究。本研究旨在初步探讨TP53基因突变对LUAD预后的影响，并探索TP53基因突变影响LUAD免疫治疗的可能机制。 方法： 1.下载TCGA数据库中LUAD患者基因组、转录组及临床特征数据，基于LUAD体细胞突变数据进行突变分析。 2.将LUAD患者表达数据分为TP53-MUT、TP53-WT两组，分析两组的TMB、MSI及免疫检查点表达情况。 3.识别两组突变数据中的差异表达基因，对差异表达数据进行GO、KEGG、GSEA、GSVA分析，并基于差异表达数据构建PPI网络。 4.进行ESTIMATE分析；利用Estimate软件包估算TCGA-LUAD中基质细胞和免疫细胞的含量；利用CIBERSORT软件包评估TCGA-LUAD免疫微环境中22种免疫细胞亚型的比例；利用IOBR软件包计算xCells、EPIC、TIMER、CIBERSORTx、MCPcounter、QuanTIseq、IPS的免疫浸润结果；从ImmPort数据库和IMGTLAHLA数据库中查看TP53基因突变与免疫基因的关系。 5.根据LUAD-TP53-MUT患者的年龄、性别、临床分期、肿瘤分期等进行单因素及多因素COX分析，计算临床病理特征对总生存率(Overallsurvival,OS)的独立预测能力，并构建临床预测列线图。 6.研究包含的所有数据计算和统计分析均使用R编程(https://www.r-project.org/v4.1.0)进行；利用本杰明-霍克伯格方法(Benjamini-Hochberg,BH)进行多重检验校正；使用曼特惠特尼(Mann-Whitney)U检验分析非正态分布变量间的差异；R软件包Survival用于生存分析；对数秩检验(Log-Ranktest)用于评估两组患者生存时间差异的显著性。 结果： 1.TP53是LUAD中突变频率最高的，突变率为48%。 2.P53-MUT组具有更高的TMB和MSI，并且TP53-MUT组常见免疫检查点表达显著上调。 3.GO、KEGG、GSEA、GSVA分析结果显示，在TP53-MUT组PI3K-AKT-mTOR、Notch、E2F靶点、G2/M检查点(P＜0.05)等信号通路显著上调。TP53-MUT组具有更高的IC50。TP53-MUT组PPI网络关联基因节点与肿瘤代谢密切相关。 4.T淋巴细胞、浆细胞和TP53基因突变之间存在显著相关性(R2＜0.01，P=0.040)。TP53突变可能上调免疫应答基因的表达，而不会对免疫基质细胞或相关基因产生显著影响。 5.单因素和多因素COX回归分析显示，LUAD患者的生存预后与TP53基因突变(HR=0.72[95%Cl,0.53-0.98],P＜0.05)，癌症状态(P＜0.05)和治疗结局(P＜0.05)相关。 6.预后模型显示TP53基因对预测LUAD患者三年和五年生存率具有良好的预测能力。 结论： 1.TP53是LUAD中突变频率最高的基因，在OS方面，可有效预测LUAD患者的生存预后。 2.TP53突变型LUAD患者具有更高的肿瘤免疫原性和肿瘤免疫细胞浸润丰度。 3.TP53基因突变可能是LUAD免疫治疗反应的独立预测因子。
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