摘要
目的:胰腺癌是世界第八大因肿瘤致死的疾病,对于已处于晚期或已局部扩散胰腺癌患者,难以实施手术治疗,并且靶向免疫治疗和化疗对于此类患者延长生存周期无显著性提升。所以,找到胰腺癌生物标记物有利于胰腺癌患者尽早治疗,从而延长生存周期。近年来试验与研究表明,PPP1R3B可能具有对肿瘤细胞调控的能力,可能在癌症的发展、诊断、治疗以及预后等方面都起到一定的作用。本研究通过数据库进行数据分析并通过与试验相结合的研究方式,探讨PPP1R3B在胰腺癌中作为预后标志物并发挥的作用可行性,为胰腺癌的诊断、治疗和预后等方面的研究提供新的方向和思路。 方法:从TCGA数据库官方网站下载并整理胰腺癌患者PPP1R3B基因数据和临床相关数据,对PPP1R3B进行差异性分析、临床相关性分析、共表达分析。以目标基因表达水平的中位值将胰腺癌样本分为高低表达两组,运用相关R包对差异基因进行功能富集、功能注释并预测相关信号通路。再对差异基因进行免疫细胞浸润分析,探讨PPP1R3B在胰腺癌中可能起到的免疫作用。再利用单因素Cox回归分析、Logistics回归分析及多因素Cox回归分析方法构建预后模型;同时,运用Kaplan-Meier生存分析,了解PPP1R3B表达对预后的影响。最后采用实时聚合酶链式反应(RT-qPCR)和蛋白印迹法(WB)以及免疫组化(IHC)技术检测目标基因在正常胰腺细胞(或癌旁组织)和胰腺癌细胞系(癌组织)的差异表达情况以论证数据分析结果,探讨PPP1R3B作为胰腺预后标志物的可能性。 结果:1.在PCR实验中,证明了在RNA层面,PPP1R3B在胰腺癌细胞中的表达水平显著超过了正常胰腺导管细胞HPNE(p<0.05)。WB实验则表明在蛋白层面,PPP1R3B在多数胰腺癌细胞系中呈高表达。2.通过免疫组化提示在胰腺癌患者组织内,PPP1R3B的阳性表达率大于其配对样本的癌旁细胞中的阳性表达率(p<0.05)。3.从TCGA数据库分析结果提示,PPP1R3B在人类泛癌和人体正常组织中表达存在差异(p<0.05)其中包括乳腺浸润癌、宫颈鳞癌和腺癌、胆管癌、结肠癌、肝癌、肺腺癌、卵巢癌、胰腺癌、胰腺癌、胃癌等。TCGA提示PPP1R3B在胰腺癌的表达水平超过了在正常胰腺组织的表达水平(p<0.05)。 4.从TCGA数据下载胰腺癌临床相关性数据并分析整理,以及进行Log-Rank数据分析,结果显示PPP1R3B的表达水平与胰腺癌患者的分期情况和淋巴结转移有关(p<0.05),而与肿瘤大小无明确关系(p>0.05)。5.利用cBioPortal数据库对TCGA数据库中185例胰腺癌样本进行PPP1R3B基因变异的相关分析,发现存在基因突变、基因深度删除、mRNA表达增减等情况。6.利用TCGA数据库查询PPP1R3B的共表达基因,并分为高低表达两组,观察两组间存在的差异性。并研究差异表达基因的相关生物学功能,分析PPP1R3B在GO、KEGG、CSEA富集情况,结果表明PPP1R3B可能与门控通道功能有关。7.通过TCGA数据库汇总了PPP1R3B和与免疫细胞浸润相关的表达情况。结果提示,PPP1R3B表达与Th2细胞、Macrophages细胞以及Th1细胞的浸润呈正相关;PPP1R3B和pDC细胞的浸润程度成负相关性。这其中PPP1R3B与免疫B细胞浸润呈现负相关性(p<0.05),而与免疫细胞T细胞浸润无明确联系(p>0.05)。8.采用Kaplan-Meier法和对数秩检验进行生存预后分析评估PPP1R3B表达水平与预后存在一定的联系,且有多种因素影响胰腺癌患者预后。 结论:PPP1R3B在胰腺癌呈现高表达,它与胰腺癌分化水平、分期及其预后的情况存在一定的相关性。通过富集分析发现,在胰腺癌组织中,PPP1R3B的高表达与多个肿瘤发生的信号通路有关。并且PPP1R3B与部分免疫细胞浸润有关。总之,PPP1R3B极可能是一个潜在的促癌基因,与胰腺癌发生发展及预后相关,可能是检测胰腺癌的潜在生标志物,为胰腺癌治疗以及预后评测等方面带来了全新方法思路,开辟了新的方向。