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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621，3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域，着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
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    南海鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)的低遗传多样性凸显了环境变化下的脆弱性

    陈胤民黄雯冯逸陈锦连...
    493-503页
    查看更多>>摘要：珊瑚礁是典型的环境敏感性的海洋生态系统之一,其对环境变化的响应及适应机制的相关研究得到越来越多的关注.了解南海广布型物种鹿角杯形珊瑚(Pocillopora damicornis)的遗传特征有利于深入理解南海珊瑚礁的环境适应机制.本研究基于南海2个典型海域4个调查站点共84个鹿角杯形珊瑚样品,使用7个微卫星标记表征其遗传多样性和遗传结构.遗传多样性指标统计结果显示,南海鹿角杯形珊瑚的遗传多样性水平较低(Ho为0.090～0.567,He为0.137～0.458),海南岛海区与西沙海区的遗传多样性水平差别不大,其中海南岛的鹿回头群体的遗传多样性较高,西沙的银屿群体的遗传多样性最低.遗传结构分析结果显示,南海鹿角杯形珊瑚形成2个遗传分离的谱系:(鹿回头群体、七连屿群体、永兴群体)和银屿群体.曼特尔检验结果表明鹿角杯形珊瑚群体间的遗传分化与平均海表温度(sea surface temperature,SST)(R2=0.312 5,P=0.290)、SST 变异度(R2=0.066 8,P=0.680)、地理距离(R2=0.048 4,P=0.680)、叶绿素 a 浓度(R2=0.107 2,P=0.480)及水体下行漫衰减系数(R2=0.109 1,P=0.390)不存在显著的相关关系.这些结果表明,鹿角杯形珊瑚遗传多样性不足的遗传特征不利于其适应严峻的生态状况,意味着遭受干扰后的恢复能力差,局部灭绝的风险较高.本研究初步评估了南海2个典型海域的鹿角杯形珊瑚的遗传现状和遗传特征,对未来的珊瑚保护工作有一定参考价值.

    南海造礁石珊瑚遗传多样性连通性适应潜力

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    DC-CIK免疫治疗联合化疗治疗血液恶性肿瘤的安全性和有效性分析

    熊华毅余鹏刘鲜梅宋咏刚...
    504-521页
    查看更多>>摘要：本研究旨在研究树突状细胞-细胞因子诱导的杀伤细胞(dendritic cell and cytokine-induced killer cell,DC-CIK)免疫治疗联合化疗治疗血液恶性肿瘤的临床疗效.本研究从PubMed、Web of Science、The Cochrane Library、Embase、CNKI、Wan-Fang Data、SinoMed和VIP等数据库中,收集2000年1月至2023年2月发表的符合要求的随机对照研究,应用RevMan 5.4.1软件进行Meta分析.共纳入15篇文献,894例患者,包括686例骨髓瘤患者和208例白血病患者,其中DC-CIK免疫治疗联合化疗治疗组共451例,设置为联合治疗组,而单纯化疗组共443例,设置为化疗(对照)组.分析结果显示,联合治疗组在临床疗效、预后情况、生活质量及各项免疫指标(T淋巴细胞亚群分布和细胞因子分泌水平)等方面均优于化疗组,且不会给患者带来特异性的副作用.研究结果表明,DC-CIK免疫治疗联合化疗能够改善恶性血液肿瘤患者的免疫功能,增强机体的抗肿瘤能力,从而显著提高临床治疗的效果.

    树突状细胞-细胞因子诱导的杀伤细胞联合治疗血液恶性肿瘤Meta分析

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    基于网络药理学探究芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的机制

    李景景凌芸唐慧新邹红...
    522-533页
    查看更多>>摘要：本研究通过体外实验与网络药理学相结合的方法分析芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的相关作用机制.制备高糖环境下视网膜血管内皮细胞的体外模型,探究芍药苷对糖尿病视网膜病变的保护作用;从TCMSP、UniProt、PubChem、Pharm-Mapper、SwisstargetPrediction、GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库获取芍药苷和糖尿病视网膜病变的作用靶点,使用韦恩图获取核心靶点;基于STRING数据库,采用Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和"药物-靶点-疾病"网络;应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并用AutoDock软件将芍药苷与核心靶点进行分子对接验证.体外实验结果显示,芍药苷能显著抑制视网膜血管内皮细胞的增殖,降低其迁移能力并减少管腔形成长度.网络药理学结果显示共获取芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的核心靶点154个,其中度值较高的靶点包括VEGFA、IL6等.GO功能共富集到705个GO条目,主要涉及细胞对药物的反应、血管内皮细胞迁移的调节、细胞增殖的调节等生物过程;KEGG通路富集分析共富集到137条通路,主要包括AGE-RAGE信号通路和PI3K-Akt信号通路.分子对接结果显示,芍药苷分子与核心靶点VEGFA、IL6的结合能力良好.本研究表明芍药苷可能通过多靶点、多通路调节视网膜血管内皮细胞的增殖、迁移能力及管腔形成长度等发挥治疗糖尿病视网膜病变的作用.

    芍药苷糖尿病视网膜病变视网膜血管内皮细胞网络药理学分子对接

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    基于生物信息学探讨疏肝降脂颗粒调节铁死亡治疗非酒精性脂肪性肝病的作用

    韦柳婷高松林胡振斌石清兰...
    534-547页
    查看更多>>摘要：本研究旨在运用生物信息学方法探讨疏肝降脂颗粒调节铁死亡治疗非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的潜在分子机制.通过网络药理学方法获取"疏肝降脂颗粒-铁死亡"潜在的交集靶点,基于GSE89632数据集筛选"疏肝降脂颗粒-NAFLD-铁死亡"交集靶点的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并运用R4.2.2软件进行相关性分析、富集分析和免疫浸润分析.对GSE89632数据集的样本进行共识聚类,构建机器学习模型,筛选关键DEGs,构建列线图模型并验证;对关键基因进行临床相关性分析.共获得18个"疏肝降脂颗粒-NAFLD-铁死亡"DEGs,富集在Th17细胞分化、甲状腺激素信号通路、,ErbB信号通路、IL-17信号通路等方面.随机森林(random forest,RF)模型为最优机器学习模型,AURKA、SREBF1、HMOX1、MYC和JUN是RF模型中重要性排名前五的基因,HMOX1、JUN与体重指数(body mass index,BMI)呈正相关.列线图模型可以较好地预测NAFLD患病风险.本研究发现疏肝降脂颗粒调节铁死亡治疗NAFLD可能是通过AURKA、SREBF1、HMOX1、MYC和JUN等差异铁死亡基因之间的网络调控作用及其介导的免疫调节,以及Th17细胞分化、甲状腺激素信号通路、ErbB信号通路和IL-17信号通路等途径实现的.基于AURKA、SREBF1、HMOX1、MYC和JUN的列线图模型不但能够较准确地诊断NAFLD,而且可以间接评估疏肝降脂颗粒治疗NAFLD的效能.

    疏肝降脂颗粒非酒精性脂肪性肝病铁死亡分子机制生物信息学

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    肺腺癌转移相关的免疫特征开发及潜在中药预测

    关双刘溪王念陈亚飞...
    548-560页
    查看更多>>摘要：本研究旨在确定具有免疫相关基因的可靠预后特征,该特征可以预测预后并对肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者的个体化管理提供帮助.从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载LUAD患者的mRNA表达谱和相应的临床数据;使用单因素COX和LASSO模型来构建预后模型;使用基于风险评分的方法开发预后特征;通过Kaplan-Meier 分析比较高风险患者和低风险患者之间的总生存期(overall survival,OS),OS的独立预测因子通过单变量和多变量COX分析确定;单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)用于评估免疫细胞浸润程度;通过LASSO和COX回归分析构建生存预后特征.根据预后特征,在OS方面将患者显著分层为高风险组和低风险组,与低风险组相比,高风险组的LUAD患者OS显著降低.通过ROC曲线分析证实了预后基因标记的预测能力.多因素COX分析显示,风险评分是OS的独立预测因子.通过免疫分析,发现了肺腺癌转移组与未转移组的不同的免疫特征.与Coremine Medical数据库相互映射筛选出牛黄(Bovis Calculus)、罗汉果(Siraitiae Fructus)等15种中药.本研究提出了 一种新的肺腺癌预后特征,用于估计LUAD的OS.此外,本研究发现了肺腺癌转移组和未转移组之间的免疫特征差异,这可能有助于对LUAD患者进行更准确的生存风险分层和个体化临床管理.

    肺腺癌差异表达预后特征免疫特征中药

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    征稿启事

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