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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621，3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域，着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
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    水牛泌乳期与干乳期差异血清生化指标及代谢物研究

    丁子旭徐祎雪冯彤王艳...
    1054-1065页
    查看更多>>摘要：本研究旨在比较泌乳期与干乳期水牛(Bubalus bubalis)差异血清生化指标及差异血清代谢物的组成,探讨血清生化指标与代谢物的相互关联,进一步了解水牛营养代谢过程的调控机制.选取泌乳期(泌乳第100～200天)健康水牛9头和干乳期(停乳后第30～60天)健康水牛9头,每头牛采血清样本两份,一份用生化分析仪进行20项指标检测;另一份用超高效液相色谱-串联质谱法(ultra-high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry,UPLC-MS/MS)检测分析水牛血清中内源性代谢物.在生化指标检测结果中,泌乳期的谷草转氨酶/谷丙转氨酶(P＜0.05)、甘油三酯(P＜0.01)显著低于干乳期的,说明水牛在泌乳期时对酯类物质的利用效率更高;而泌乳期的胆固醇(P＜0.01)、低密度脂蛋白(P＜0.01)、高密度脂蛋白(P＜0.001)、尿素氮(P＜0.01)、葡萄糖(P＜0.01)和免疫球蛋白A(P＜0.000 1)等指标显著高于干乳期的,说明泌乳期时水牛的物质代谢更高.对于血清代谢物进行分析得出共有183种代谢产物在2个时期中存在显著差异(P＜0.05,VIP＞1),这些代谢产物共富集到8条显著不同的代谢途径,分别是D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢,精氨酸和脯氨酸代谢,色氨酸代谢,卟啉和叶绿素代谢,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,组氨酸代谢,不饱和脂肪酸的生物合成,以及氮代谢(P＜0.05).这些结果说明在泌乳期时,水牛吸收的营养物质主要用于参与多种氨基酸的合成及脂肪酸的合成与利用.

    水牛(Bubalusbubalis)血清生化指标代谢组学泌乳期干乳期

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    黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组全序列分析及系统进化

    陈云霞黄娅琳侯森林周用武...
    1066-1077页
    查看更多>>摘要：黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录11监管物种.为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位,本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组序列,全长18 679 bp,并针对全序列进行了结构分析.结果表明,黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组中碱基含量具有明显的AT偏好性,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA编码基因和2个rRNA编码基因,除了nad6在L链上以外,其他的蛋白编码基因都在H链上.黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组有基因重叠现象且排列紧密,重叠序列长度范围从1 bp到6 bp,总长度共17 bp,共计8处;基因间隔序列的长度范围从1 bp到40 bp,总长度共154 bp,共计24处,有7处基因排列无间隙.基于线粒体基因序列分析发现,除了 tRNA中trnC、trnF、trnG和trnH缺少反密码子环,trnP和trnQ缺少TΨC环,trnL-I、trnS-Ⅱ和trnW呈短棒状,其他tRNA具有经典的三叶草二级结构.采用最大似然法(maximum likelihood method,ML)和近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)对40种鹦形目物种线粒体全基因组序列构建系统进化树,结果表明黄颈亚马逊鹦鹉与黄冠亚马逊鹦鹉(Amazona ochrocephala)的亲缘关系最近.

    黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组结构特征系统进化

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    m6A阅读蛋白IGF2BP1对食管鳞状细胞癌细胞生物学行为的影响及其机制探讨

    孙姗潘英杰谭劲松杨航...
    1078-1092页
    查看更多>>摘要：本研究旨在探讨胰岛素样生长因子-2 mRNA结合蛋白1(insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1,IGF2BP1)对食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)细胞体外功能的影响及其作用机制.利用TIM-ER2.0数据库、免疫组化及实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)分析IGF2BP1在ESCC组织和癌旁组织中的蛋白及mRNA水平.采用siRNA敲低IGF2BP1在KYSE30和TE-1细胞中的表达,利用CCK-8实验、平板集落形成实验、划痕愈合实验、Transwell实验以及流式细胞术检测敲低IGF2BP1对细胞功能的影响.利用Western blot检测敲低IGF2BP1对上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)相关蛋白及PI3K/AKT通路磷酸化水平的影响.利用STRING、GEPIA数据库筛选出与IGF2BP1蛋白互作的其余N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)甲基化酶并进行差异表达分析.通过RM2Target、SRAMP数据库预测下游靶基因及其m6A修饰位点.结果显示,IGF2BP1在ESCC组织和细胞中高表达(P＜0.05或P＜0.001);敲低IGF2BP1后KYSE30和TE-1细胞增殖、迁移和侵袭能力减弱(P＜0.05或P＜0.001),细胞凋亡增多(P＜0.05或P＜0.001),同时促进E-cadherin的表达(P＜0.05或P＜0.01),抑制N-cadherin、Vimen-tin的表达(P＜0.05或P＜0.01)以及PI3K/AKT通路的磷酸化(P＜0.05或P＜0.01);锌指CCCH结构域蛋白13(zinc finger CCCH domain containing protein 13,ZC3H13)与 IGF2BP1 蛋白互作且在 ESCC 中的表达水平与 IGF2BP1 正相关;ZC3H13 和IGF2BP1共同调控的潜在靶基因CNNM2、KIAA1549、SP3均具有高可信度的m6A修饰位点.本研究提示,IGF2BP1可能通过m6A依赖的方式与其余m6A甲基化酶协调作用,激活PI3K/AKT通路的磷酸化而促进ESCC细胞的增殖、迁移、侵袭,抑制细胞凋亡,并促进EMT进程,发挥致癌作用.

    食管鳞状细胞癌胰岛素样生长因子-2mRNA结合蛋白1(IGF2BP1)N6-甲基腺嘌呤(m6A)增殖侵袭凋亡

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    基于转录组学分析CD146在人类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞条件培养液状态下的EAhy.926细胞中的基因表达差异

    王澜王子素李培霆曾家顺...
    1093-1110页
    查看更多>>摘要：黑色素瘤细胞黏附分子CD146作为一种新的内皮细胞标志物,其表达与肿瘤、自身免疫性疾病的进展密切相关.类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种以对称性、慢性多关节炎症为特征表现的系统性自身免疫性疾病,滑膜血管翳作为RA的代表性病理产物在疾病的发生发展中起着重要作用.为了研究CD 146分子在人类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(human rheumatoid arthritis fibroblast like synovial cell,HFLS-RA)条件培养液状态下的人脐静脉内皮细胞株 EAhy.926 的基因表达差异及其影响机制,本研究通过慢病毒介导的RNA干扰技术抑制EAhy.926细胞中CD146的表达.培养并提取HFLS-RA上清液制备条件培养液.将转染后的EAhy.926细胞用HFLS-RA条件培养液培养24 h构建RA损伤模型,并对其进行转录组测序,筛选出差异表达基因(differentiallly expressed genes,DEGs),并通过GO、KEGG通路分析,探索CD146调控的DEGs主要参与的相关信号通路及生物学过程.结果显示,与对照组细胞相比,HFLS-RA条件培养液状态下CD146敲低的EAhy.926细胞有341个DEGs,其中上调基因有173个,下调基因有168个;GO、KEGG通路分析发现DEGs主要富集在Wnt信号通路、PPAR信号通路、TRP通道的炎症介质调节、脂肪细胞因子信号通路上,参与了细胞黏附、细胞运动、细胞定位、半胱氨酸生物合成过程等生物过程.本研究通过转录组学分析发现在HFLS-RA条件培养液状态下,CD146分子可能通过多条关键信号通路及多个基因影响EAhy.926.研究结果为探讨CD146分子在类风湿关节炎滑膜血管生成中的作用及机制的研究提供了理论依据.

    转录组CD146类风湿关节炎EAhy.926

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    基于生物信息学探讨非酒精性脂肪性肝炎铜死亡相关基因及中药预测

    高松林张鹏梁馨允梁菲...
    1111-1120页
    查看更多>>摘要：本研究旨在运用生物信息学方法筛选非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)的铜死亡相关基因和诊断性生物标志物,并预测调控铜死亡基因治疗NASH的潜在中药.从GEO数据库获取GSE89632数据集作为训练数据集,提取 NASH 中差异表达的铜死亡基因(differentially expressed cuproptosis-related genes,DECRGs),运用R4.2.2软件对DECRGs进行相关性分析和富集分析.基于DECRGs对NASH患者进行聚类分型,构建机器学习模型,筛选关键基因并验证.通过COREMINE数据库预测调控铜死亡基因治疗NASH的潜在中药,运用中医传承计算平台(Traditional Chinese Medicine Inheritance Computer System)v3.5 软件挖掘用药规律.筛选得到 9 个 DECRGs,DECRGs 间存在相互调控的作用,富集分析发现DECRGs主要介导硫辛酸代谢、碳代谢、三羧酸循环等途径干预NASH.共识聚类将NASH患者分为3个亚型;支持向量机模型(support vector machine,SVM)为最合适的机器学习模型;NFE2L2、LI-AS、GLS和GCSH和PDHB等5个与NASH最相关的铜死亡基因可作为NASH的诊断性生物标志物.在调控铜死亡基因治疗NASH的中药中,四气以寒、温、平为主,五味以苦、甘、辛味为主,主归肝、脾经,功效方面以补虚、清热、活血化瘀为主.本研究发现了 NASH的铜死亡相关基因、诊断性生物标志物及对应中药的用药规律,可为中医药治疗NASH的临床应用和新药研发提供思路.

    非酒精性脂肪性肝炎铜死亡相关基因生物信息学机器学习中药预测

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