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期刊信息/Journal information
基因组学与应用生物学
基因组学与应用生物学

李宁

双月刊

1674-568X

gab@gabcn.org

0771-3232621,3239102

530004

广西南宁市大学东路100号广西大学西校园榕江路《基因组学与应用生物学》编辑部111室

基因组学与应用生物学/Journal Genomics and Applied BiologyCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊为基因组时代的理论与应用生物学提供服务的科学杂志,将面向基因组学、分子遗传学、生化与分子生物学等基础学科领域,着重刊登农林科学、医药科学、动物科学、环境、生态领域的研究成果。
正式出版
收录年代

    基于RAD-seq测序技术的墨西哥湾扇贝遗传改良后代及其双亲的遗传结构分析

    卢怡凝张元张柯馨李腾...
    1607-1619页
    查看更多>>摘要:本研究旨在阐明遗传改良后代墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)"橙黄1号"杂交选育系F5与其双亲的遗传关系及遗传进展.运用RAD-seq测序技术,对4个群体共96份扇贝样本进行了主成分分析(principal component analy-sis,PCA)、系统进化树构建及群体结构分析.进一步对墨西哥湾扇贝"橙黄1号"F5的30份样本进行亲本基因型转化及遗传多样性分析.结果表明,96份扇贝样本与参考基因组的平均比对率为96.45%,平均覆盖度为13.89%,平均覆盖深度为5.62x,共获得116 533个高质量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点.群体遗传结构分析表明,96份扇贝样本被明显划分为4个类群,墨西哥湾扇贝"橙黄1号"F5的遗传结构与其双亲相近,介于双亲之间,与外群华贵栉孔扇贝(Chlamys nobilis)遗传结构相距较远.遗传多样性分析结果表明,墨西哥湾扇贝"橙黄1号"F5的平均观测杂合度为0.148 5,低于平均期望杂合度0.378 1.说明经过5代选育,墨西哥湾扇贝"橙黄1号"F5的遗传基因获得纯化.研究结果为墨西哥湾扇贝"橙黄1号"的遗传背景、亲缘关系及遗传进展提供依据.

    墨西哥湾扇贝"橙黄1号"单核苷酸多态性(SNP)遗传结构亲缘关系遗传进展

    基于重组酶聚合酶扩增和微流控的病原菌检测方法

    台萃许杰欧一新蒋海霞...
    1620-1631页
    查看更多>>摘要:由病原菌感染引发的疾病严重危害人类健康,病原菌的检测技术一直备受研究者的关注.目前的病原菌检测方法存在检测周期长、检测仪器成本高、空间需求大等问题,这些问题极大地限制了资源匮乏地区的病原菌防控,因此研发一种快速准确、低成本、空间需求小的检测方法对病原菌防控具有重要意义.本研究采用磁珠法提取纯化病原菌核酸,再利用重组酶聚合酶扩增(recombinase polymerase amplification,RPA)技术扩增目标片段,最后通过荧光显色实现检测结果的可视化判定.整个实验流程被设计在一张微流控芯片上,应用于肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)、鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)等4种重要病原菌的快速检测.结果表明,基于微流控的磁珠法经优化后可在40 min内完成DNA提取纯化,与其他常见的核酸提取方法相比,该方法所得DNA的浓度、纯度和完整性较好,可用于后续PCR等分子生物学实验;基于微流控的RPA法在39℃,20 min内可完成对病原菌特征基因片段的扩增,本研究利用该方法共检测了 18株不同菌种的病原菌,与对照相比,扩增产物荧光显色差异显著,测序结果进一步验证了荧光可视化判定结果的准确性.综上,与传统检测方法相比,基于微流控的磁珠法和RPA技术结合的病原菌检测方法不仅显著缩短了检测周期,而且弥补了传统检测方法的不足.该方法具有设备要求低、空间需求小、集成性好等优势,为病原菌检测提供了一种快速、经济、简便的补充方案.

    重组酶聚合酶扩增微流控磁珠法可视化病原菌检测

    羟基磷灰石表面台阶结构对未成熟树突状细胞mRNA表达谱的影响

    王芳陈丽丹王赟胡祖权...
    1632-1645页
    查看更多>>摘要:羟基磷灰石(hydroxyapatite,HA)在骨修复和材料界面修饰中具有重要价值,但其在植入体内后可能会引起慢性炎症,而树突状细胞(dendritic cells,DCs)是调控慢性炎症反应的关键细胞,其表型和功能受材料表面结构影响.因此,本研究在构建HA表面台阶结构的基础上,分析其对未成熟树突状细胞(immature dendritic cells,imDCs)的细胞骨架结构、黏附形态以及mRNA表达谱的影响,以期为优化HA材料的表面结构设计提供一定的理论依据.利用取向连接生长原理制备出具有台阶结构的HA片材,并以此构建细胞培养模型.利用免疫荧光染色分析imDCs细胞骨架和黏附形态的变化,并采用转录组测序技术分析imDCs的mRNA表达谱的变化.结果显示,HA表面台阶结构的暴露会增加imDCs的铺展面积,并影响细胞黏附形态.转录组测序分析显示mRNA表达谱发生了变化,差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)主要富集到黏着斑信号通路、趋化因子信号通路、白介素-17信号通路等关键信号通路.因此,HA台阶结构可能通过黏着斑信号通路、趋化因子信号通路、白介素-17信号通路调控imDCs的形态特征和免疫学功能,进而影响免疫应答过程.

    羟基磷灰石树突状细胞台阶结构转录组测序信号通路

    靶向γ-谷氨酰羧化酶的出/凝血药物筛选体系的建立及初步应用

    刘迅婕洪敏雯潘杨李世新...
    1646-1655页
    查看更多>>摘要:维生素K依赖性凝血缺陷Ⅰ型疾病(vitamin K-dependent coagulation factors deficiency 1,VKCFD1)是一种罕见的常染色体隐性遗传出血性疾病,由γ-谷氨酰羧化酶(gamma-glutamyl carboxylase,GGCX)基因突变引起.目前,VKCFD1的主要治疗药物是维生素K,,但由于其并非直接靶向GGCX,临床效果存在巨大的个体差异.因此,筛选直接针对GGCX的靶向药物十分必要,而关键是构建靶向GGCX的药物评价体系.本研究基于维生素K环氧化物还原酶(vitamin K epoxide reductase,VKOR)基因敲除的细胞系(DKO HEK293),利用CRISPR/Cas9技术将内源性GGCX进一步敲除(GCKO细胞系).随后,将致病突变的GGCX(I532T)与凝血因子X(coagulation factor X,FX)或抗凝因子C(protein C,PC)稳定双表达形成报告细胞系.基于该细胞系,通过检测FX和PC的羧化效率,进行GGCX靶向药物的初步筛选.结果发现,血根碱和高三尖杉酯碱抑制细胞增殖,几乎完全抑制FX和PC的羧化活性.原阿片碱、尿囊素和顺式乌头酸同时显著提高FX和PC的羧化活性,且与细胞增殖无关.此外,京尼平、地奥司明、番泻苷A和(+)-儿茶素水合物对FX羧化活性具有显著的促进作用,而苯乙酰胺和硝酸硫胺素则对PC羧化水平具有显著的促进作用,表明本研究所建立的以GGCX为靶点的出/凝血药物筛选体系可以高效、及时反馈药物针对FX和PC的羧化水平的影响,为筛选治疗VKCFD1的药物提供有力的工具和参考.

    VKCFD1γ-谷氨酰羧化酶药物筛选ELISA出/凝血疾病

    木质素抑制金黄色葡萄球菌所致皮肤感染的机制研究:生物膜形成核心基因筛选与验证

    黄树强谭翠钰陈淼琪袁晓珺...
    1656-1666页
    查看更多>>摘要:金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)生物膜形成常导致严重的皮肤感染.木质素是抑制SA生长的有效药物,分析木质素对SA生物膜形成的抑制作用和分子机制有助于为临床治疗皮肤感染提供指导.本研究通过结晶紫染色实验证实木质素对SA生物膜的形成有抑制作用.随后,基于公共数据库获取木质素抑制SA生物膜形成的相关基因,结合机器学习与分子对接方法筛选核心基因.同时,设计人体皮肤SA生长密度预测模型,分析人体皮肤SA生长密度与生物膜形成相关基因表达水平的相关性.最后,通过实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)实验验证核心基因的表达水平.结果显示,木质素最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)为16 mg/mL.随着木质素浓度升高,SA生物膜产量逐步减少.purA、trpB、hla、uhpT、leuC等核心基因拥有优越的与木质素结合的性能.人体皮肤预测模型显示,核心基因中trpB、leuC、leuD、dnaI与SA的皮肤生长密度评分呈负相关,而uhpT、hla、purA、dnaN与评分呈正相关.RT-qPCR结果表明,与未经处理的对照菌株相比,木质素处理后的菌株中hla、purA和uhpT基因的转录水平显著下降,而teuC和trpB基因的转录水平显著上升,与数据分析结果一致.本研究揭示了木质素对SA生物膜形成的靶向抑制作用,并阐明了其在SA皮肤感染中的治疗价值.

    木质素金黄色葡萄球菌生物膜皮肤感染生物信息学

    征稿启事

    后插1-后插3,封3页