查看更多>>摘要:目的 探讨多黏菌素耐药基因(mobile colistin resistance,mcr)在肺炎克雷伯菌中的流行分布特点.方法 使用Aspera软件从NCBI基因组数据库下载肺炎克雷伯菌的基因组序列,采用CheckM v1.1.3和Quest 5.0.2软件进行质量过滤,使用Prokka v1.13对基因组进行注释.从NCBI网站下载所有mcr基因序列,采用makeblastdb命令构建数据库,再采用 自编写的Perl脚本程序从注释文件提取所有基因核苷酸序列为Query,进行本地BLASTN分析,获得mcr阳性的菌株.从PubMLST网站下载肺炎克雷伯菌7个管家基因的基因序列文件和Profiles文件为数据库,采用自编写的Perl脚本程序提取基因核苷酸序列为Query,进行本地BLASTN分析,确定每个基因组的序列类型(ST).使用自编写的perl程序从下载的肺炎克雷伯菌基因组GenBank文件中批量提取菌株元信息(如分离源、样本类型、国家和日期等)以分析mcr阳性菌株的分布特点.使用卡方检验对比不同ST型之间mcr分布的差异.结果 在本研究纳入分析的全球11 429个肺炎克雷伯菌基因组中,207株细菌中检出 229 个 mcr.mcr 变异体共有 6 种,以 mcr-1(87/229,38.0%)、mcr-8(59/229,25.8%)和 mcr-9(59/229,25.8%)为主;207 株细菌检出76种 ST 型,以 ST15(21/207,10.1%)、ST43(17/207,8.2%)、ST11(16/207,7.7%)和 ST147(16/207,7.7%)为主.87 株mcr-1阳性菌株有 31 种 ST,以 ST43(17/87,19.5%)和 ST15(10/87,11.5%)为主;59 株 mcr-8 菌株有 17 种 ST,以 ST43(17/59,28.8%)和ST11(9/59,15.3%)为主;59 株 mcr-9 菌株有 27 种 ST,以 ST147(11/59,18.6%)和 ST274(11/59,18.6%)为主.不同的ST型携带的mcr变异体之间的差异亦有统计学意义.mcr阳性肺炎克雷伯菌来自全球五大洲的28个国家,以中国(68/207,32.9%)和泰国(45/207,21.7%)为主,主要来源于人体(100/207,48.3%),流行时间集中于2015年至2018年.结论 在全球肺炎克雷伯菌中,mcr的流行以mcr-1、mcr-8、mcr-9为主.mcr-1的流行以ST15和ST43为主,mcr-8的流行以ST11和ST43为主,mcr9的流行以ST147和ST274为主.加强该类细菌的监测对于预防院内感染控制具有重要作用.