查看更多>>摘要:目的:基于微阵列分析筛选阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)自噬相关基因,并进行通路分析,鉴定关键基因,以期探究潜在的发病机制与治疗靶点.方法:从GEO数据库下载GSE33000数据集,通过R软件limma包获取AD差异表达基因,从人类自噬基因数据库、人类自噬调节因子数据库及GeneCard数据库分别下载自噬相关基因,获得自噬相关基因集,将差异表达基因与自噬相关基因集取交集,获得AD自噬相关基因.使用R软件org.Hs.eg.db、clusterProfiler等程序包进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Ency-clopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,利用在线软件STRING进行蛋白互作网络分析,并基于最大团中心性(maximal clique centrality,MCC)算法进行关键基因预测.结果:共获得66个AD自噬相关基因,其中41个基因上调,25个基因下调.基因富集分析显示,GO分析中细胞组分主要富集在吞噬小泡膜、分泌颗粒膜、膜微结构域、晚期内体等,分子功能主要富集在结合Toll样受体、结合泛素连接酶等,生物学过程富集在调节自噬、细胞分解代谢的调节、脂多糖诱导的反应、调节炎症反应、外部刺激的细胞反应等.在KEGG富集分析中,差异表达的自噬相关基因主要富集在NOD样受体信号通路、脂质与动脉粥样硬化、叉头框蛋白O(forkhead box protein O,FoxO)信号通路等.完成蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)的构建,同时鉴定出10个关键基因,筛选出与AD关联较大的为白介素-6(interleukin-6,IL-6)、信号转导与转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3).结论:本研究获得10个关键ADARG,其中与AD关联较大的为IL-6、STAT3.