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期刊信息/Journal information
水生生物学报
中国科学院水生生物研究所；中国海洋湖沼学会
水生生物学报

中国科学院水生生物研究所；中国海洋湖沼学会

桂建芳

双月刊

1000-3207

acta@ihb.ac.cn

027-68780701

430072

湖北省武汉市武昌珞珈山水生所 （武昌东湖南路7号）

水生生物学报/Journal Acta Hydrobiologica SinicaCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本学报是我国唯一的淡水生物学综合性学术刊物，从1955年创刊至今已有45年的历史，它代表中国淡水生物学的最高学术水平，是该领域对外交流的一个窗口，在国内外具有较大的影响。主要报道我国淡水生态及水环境的评价与治理；淡水生物的生化、遗传、病理、毒理和分类区系；淡水生物的育种、培养、开发利用和病豁防治；淡水渔业生物学报及有关湖沼学的综合调查与研究等。
正式出版
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    大蒜E素对副溶血弧菌的抑菌活性及机制

    蔡雪黄雷郑阿钦褚宽...
    106-115页
    查看更多>>摘要：为探究大蒜E素(ALE)对副溶血弧菌的抑菌活性及作用机制，通过测定最小抑菌浓度(MIC)、最小杀菌浓度(MBC)和抑菌动态生长曲线，评价ALE对副溶血弧菌的抑菌作用;基于电镜观察及胞外β-D-半乳糖苷酶、蛋白质含量测定，分析ALE对副溶血弧菌细胞结构的影响;采用结晶紫染色法检测ALE对副溶血弧菌生物被膜形成的影响;利用RNA-Seq技术分析ALE对副溶血弧菌转录水平表达的影响。结果显示，ALE对副溶血弧菌的MIC为7。8 μg/mL，MBC为31。2 μg/mL。与对照组相比，MIC浓度ALE组副溶血弧菌胞外β-D-半乳糖苷酶活性和蛋白质含量显著增加(P<0。05)，细胞壁膜消融、内容物流失，生物被膜形成量显著减少(P<0。05)。转录组分析结果显示，与对照组相比，1/4MIC浓度的ALE组副溶血弧菌中显著下调基因145个，主要富集在MAPK信号转导、鞭毛组装、生物膜形成等通路;ALE组副溶血弧菌中显著上调基因133个，主要富集在氨基酸代谢、降解等通路;RNA-Seq结果与RT-qPCR验证试验结果一致。研究表明，ALE对副溶血弧菌抑菌作用强，可能通过破坏细菌菌体结构，抑制其生物被膜形成，以及调控鞭毛、生物膜等基因表达，从而发挥抑菌、减毒作用。研究结果为探明ALE抑制副溶血弧菌的作用及机理奠定良好基础。

    弧菌大蒜素抗菌药物抑菌机制转录组

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    一种贻贝酰胺酶型肽聚糖识别蛋白的分子特征及功能分析

    阳宗欣王昊东何志巧肖文慧...
    116-128页
    查看更多>>摘要：从厚壳贻贝(Mytilus coruscus)鳃组织中鉴定到一种新型贻贝肽聚糖识别蛋白(Peptidoglycan recognition protein，PGRP)分子，为探讨其在贻贝先天免疫系统中的作用，对其开展了序列分析，表达模式，亚细胞定位，原核重组表达及表达产物的功能验证研究。研究结果表明，厚壳贻贝新型PGRP由438个氨基酸残基组成。序列中含典型肽聚糖识别蛋白/酰胺酶(PGRP/Amidase)结构域，属于酰胺酶型PGRP。该蛋白在厚壳贻贝各组织中呈组成型表达特征。微生物胁迫可明显上调PGRP表达量，其响应速度和表达量上调幅度对不同微生物胁迫具有差异。利用原核重组表达技术成功表达出可溶性重组厚壳贻贝PGRP。对表达产物的功能验证结果表明，重组厚壳贻贝PGRP蛋白表现出明显的抑菌活性、细菌凝集活性和对PGN的酰胺酶活性，上述活性均具有锌离子依赖性。亚细胞定位分析结果表明，该PGRP分子主要定位于细胞核内。上述结果为深入了解厚壳贻贝的免疫识别机制奠定了基础。

    肽聚糖识别蛋白荧光定量PCR原核重组表达免疫厚壳贻贝

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    团头鲂(♀)×翘嘴鲌(♂)杂交三倍体肌间刺及微卫星遗传结构分析

    任超王会虎郑国栋邹曙明...
    129-137页
    查看更多>>摘要：为进一步研究的肌间刺形态分布和遗传结构，对不同群体进行肌间刺形态观察和微卫星分析。结果显示，鲂鲌三倍体(MC-3n)、鲂鲌二倍体(MC-2n)、团头鲂(MA)和翘嘴鲌(CA)的平均肌间刺数目分别为129。4、129。0、124。5和137。6根，MC-3n与MC-2n之间的肌间刺数目差异不显著(P>0。05)，但两者与父母本的肌间刺数目差异显著(P<0。05)，且介于父母本之间。4个群体均含有7种类型的肌间刺，且左右两侧肌间刺类型和数目均不相同，但差异不大。4个群体的平均等位基因数分别为4。55、4。15、4。05和3。30;平均观测杂合度分别为0。8817、0。7967、0。8250和0。5550;平均期望杂合度分别为0。6740、0。6435、0。6325和0。4941;平均多态信息含量分别为0。6081、0。5780、0。5632和0。4298，表明MC-3n和MC-2n均具有丰富的遗传多样性，且MC-3n的遗传多样性略高于MC-2n。Hardy-Weinberg平衡分析显示，4个群体在大多数位点上都表现为杂合子过剩(D>0)，仅在少数位点上表现为杂合子缺失(D<0)。MC-3n和MC-2n与其母本团头鲂的遗传相似性均高于其父本翘嘴鲌，遗传距离均低于父本翘嘴鲌，均表现出一定的母本效应。聚类分析显示，MC-3n先和MC-2n聚为一支，然后再和MA聚为一支，最后再和CA聚类，聚类结果与遗传距离一致。研究为鲂鲌杂交三倍体的育种和后续推广应用提供参考资料。

    三倍体肌间刺微卫星遗传多样性团头鲂翘嘴鲌

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    基于机器视觉的海鲜花螺分类研究

    陈林涛陈睿蓝莹梁国健...
    138-145页
    查看更多>>摘要：针对目前人工分选海鲜花螺劳动强度大、人工成本高的问题，研究提出一种DPO-SVM海鲜花螺公母分类模型。通过灰度共生矩阵分析提取海鲜花螺外壳间隔纹理特征量，采用SVM作为公母分类模型基体，对不同纹理特征量组合进行分类效果对比，得出使用能量、熵、对比度3种特征量分类效果最好的结论。针对SVM优化问题，以PSO和WOA算法为基础提出DPO算法对SVM的重要参数c、g进行优化;对DPO-SVM性能进行测试，将测试结果与SVM、PSO-SVM、WOA-SVM测试结果对比。相比于其他3种SVM模型，DPO-SVM分类准确率大幅度提升，相比于SVM，分类总准确率由85%上升至100%，上升了15%;DPO算法提高了单种群优化算法的寻优性能，相比于PSO算法，DPO算法将最佳适应度从95。26提升至98。68，提升幅度为3。47%。此外，达到最佳适应度的迭代次数由14次减少至6次，下降57。14%，显著优化了收敛速度。研究结果可为自动分拣装置中海鲜花螺公母分类提供技术参考。

    机器视觉花螺分选外壳纹理特征支持向量机算法

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    基于Point Transformer方法的鱼类三维点云模型分类

    胡少秋段瑞张东旭鲍江辉...
    146-155页
    查看更多>>摘要：为实现对不同鱼类的精准分类，研究共采集110尾真实鱼类的三维模型，对获取的3D模型进行基于预处理、旋转增强和下采样等操作后，获取了1650尾实验样本。然后基于Point Transformer网络和2个三维分类的对比网络进行数据集的分类训练和验证。结果表明，利用本实验的目标方法Point Transformer获得了比2个对比网络更好的分类结果，整体的分类准确率能够达到91。9%。同时对所使用的三维分类网络进行有效性评估，3个模型对于5种真实鱼类模型的分类是有意义的，其中Point Transformer的模型ROC曲线准确率最高，AUC面积最大，对于三维鱼类数据集的分类最为有效。研究提供了一种可以实现对鱼类三维模型进行精准分类的方法，为以后的智能化渔业资源监测提供一种新的技术手段。

    点云处理PointTransformer三维模型鱼类分类

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    六个繁育场异育银鲫的克隆系鉴定及特征分析

    杨涵龚艺甄鹏谢明花...
    156-166页
    查看更多>>摘要：为了厘清湖北省异育银鲫(Carassius gibelio)繁殖群体的种质资源现状，研究以湖北省6个苗种繁殖场的异育银鲫亲本为研究对象，比较不同群体的生物学特征和品质性状的差异，利用基因组重测序进行品种与克隆系鉴定和遗传多样性分析。研究结果表明，根据180尾异育银鲫全基因组重测序的SNPs，共鉴定出10个异育银鲫克隆系，其中2个异育银鲫"中科3号"亚克隆系，5个异育银鲫"中科5号"亚克隆系和3个其他克隆系。遗传多样性分析表明，单核苷酸密度(SNP/kb)、单核苷酸多态性(p)、多态信息含量(PIC)和观测杂合度(Ho)分别为11。17、0。0050、0。4332和0。5612。系统发育树和主成分分析结果显示，不同群体之间表现出中度到高度的遗传分化，同时也存在较为显著的交叉聚类现象，结合异育银鲫克隆系分布，表明除了梁子湖和正大群体外的繁殖亲本存在一定的种质混杂现象。不同克隆系之间的形态上存在差异，体高/体长和头长/体长可以作为初步判断异育银鲫形态的两个参考指标。异育银鲫"中科5号"和异育银鲫"中科3号"的肌肉营养成分中粗脂肪含量差异显著，而粗蛋白含量无明显差异。不同克隆系间的肌肉中17种脂肪酸含量均存在显著差异，DHA+EPA总量在不同克隆系之间也存在差异。研究不仅有利于异育银鲫种质资源的合理开发与保护，而且有助于异育银鲫新品种选育和养殖产业的可持续发展。

    种质资源克隆鉴定营养成分遗传多样性异育银鲫

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    一株自絮凝细菌Massilia sp.W12的多相分类鉴定及全基因组分析

    高娜陈诚赵秀侠方婷...
    167-174页
    查看更多>>摘要：研究以筛选自絮凝菌作为生物絮团系统外源强化菌株为目的，从中华草龟养殖池塘中分离纯化出一株自絮凝菌株，对其进行多相分类学鉴定确定W12菌株的分类地位，基因注释分析探讨其作为强化菌株的可行性。W12菌株与Massilia arenosa MC02T相似性最高，为96。21%，W12菌株与其亲缘关系较近的几株模式菌株的ANI值在71。61%—72。23%，dDDH值在19。6%—22。9%，远低于判别细菌新种的阈值，进一步表明W12为一株马赛菌属新种。此外，全基因组分析发现W12的自絮凝机制可能与喜树脂动胶菌相似，由胞外多糖和PEP-CTERM蛋白质共同介导，推测菌株W12通过PHB合成途径Ⅰ涉及PhaA、PhaB和PhaC三种酶来合成PHB。研究从中华草龟养殖池塘分离到的自絮凝菌株W12是一株马赛菌属新种，W12菌株可以合成PHB，由胞外多糖和PEP-CTERM蛋白质共同介导其自絮凝，此性能与生物絮团的形成息息相关。通过基因组分析对菌株的潜在应用价值进行挖掘，以期为生物絮团系统的功能强化提供候选菌株。

    多相分类自絮凝胞外多糖PEP-CTERM蛋白质马赛菌

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    乌鳢白细胞衍生趋化因子LECT2互作蛋白的筛选与鉴定

    翟奕翔李玉保黄聿翠刘健如...
    175-183页
    查看更多>>摘要：为了解乌鳢(Channa argus)白细胞衍生趋化因子2(CaLECT2)在抗菌免疫过程中所调控的配体蛋白，克隆获得CaLECT2基因，并对其表达特征进行了分析。利用体内注射试验分析了CaLECT2对乌鳢机体的免疫增强作用。利用His-pull down联合质谱、Co-IP分析了CaLECT2的互作蛋白。结果显示，在感染鰤诺卡氏菌的乌鳢脾脏、肾脏和肝脏中，CaLECT2 mRNA的表达量显著上调。利用原核表达系统表达纯化获得了CaLECT2重组蛋白。通过Western Blot证明rCaLECT2抗血清可以特异性识别CaLECT2重组蛋白。向乌鳢体内注射CaLECT2蛋白可以显著提高脾脏内巨噬细胞数量。Pull down联合质谱鉴定得到Fetuin-like protein、Sero-transferrin和CD209等253个潜在的互作蛋白。Co-IP结果进一步确认了CaLECT2与CD209存在互作关系。研究为深入探讨CaLECT2所调控的配体蛋白功能奠定了前期基础。

    白细胞衍生趋化因子2His-pulldown质谱互作蛋白乌鳢

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