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生物技术通报
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路铁刚

月刊

1002-5464

biotech@caas.cn

010-82109925，82109903

100081

北京海淀区中关村南大街12号

生物技术通报/Journal Biotechnology BulletinCSCD北大核心CSTPCD
查看更多>>本刊客观报道国内外生物技术领域基础研究成果及其在农、林、牧、渔及医药、食品、轻工、环保领域中的应用和产业化趋势。内容包括基因工程、细胞工程、酶工程、发酵工程、生化工程、蛋白质工程以及生物工程的应用、研究现状和新的实验技术与方法等。
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    肌源性细胞分化的单细胞转录谱变化及细胞间通讯分析

    秦健李振月何浪李俊玲...
    330-342页
    查看更多>>摘要：[目的]基于单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)揭示牛肌源性细胞分化中的基因表达谱变化,并探究介导细胞间通讯的配体-受体互作机制,为构建成肌分化的动态调控网络奠定基础.[方法]利用Seurat、ClusterProfiler、STRING、Cytoscape、CellChatDB和Monocle2 等数据库或软件,对NCBI-GEO公共数据库中牛肌源性细胞单细胞转录组测序的原始数据进行了深入分析,包括细胞分群鉴定及差异基因表达谱、相关性、GO富集、PPI、细胞间通讯和拟时序分析等.[结果]根据基因表达相关性及标志性基因共鉴定出 4 个具有独特转录特征的细胞群Myoblasts、Myocytes、Fibroblasts和FAPs,通过Myoblasts亚群的基因表达谱比较及拟时序分化轨迹分析发现,各亚群之间异质性很强,其中Myoblasts_1 为分化轨迹起点,Myoblasts_0和 3 处于分化早期阶段,而Myoblasts_2 是肌肉特征表现最为明显的亚群,可能是临近形成Myocytes的后期阶段的Myoblasts;Myoblasts_2 和Myocytes差异基因富集的肌肉相关GO term存在差异,各基因间存在复杂的蛋白互作关系;Myoblasts_0-5、Myocytes、Fibroblasts和FAPs同型或异型细胞间的通讯机制,涉及到PTN-NCL、IGF2-IGF2R和ANGPTL2-(ITGA5+ITGB1)等多种不同的配体-受体作用.[结论]肌源性细胞在分化过程中存在不断变化的基因表达谱和细胞间通讯,反映了复杂的动态异质性及分子调控机制.

    牛肌源性细胞单细胞转录组测序细胞亚群异质性基因表达谱细胞间通讯

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