查看更多>>摘要:目的 了解广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组的表达水平.方法 将32只SD大鼠随机分为对照组(12只)和感染组(20只),感染组每只大鼠经灌胃感染40条广州管圆线虫Ⅲ期幼虫,对照组灌胃等体积生理盐水.感染后1、7、14、21 d,对照组、感染组分别随机解剖3、5只,取脑组织制备石蜡切片,苏木精-伊红(HE)染色后观察脑组织病理变化.TRIzol法提取感染后14d大鼠脑组织RNA,逆转录为cDNA后测序.选取差异表达mRNA进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析,采用STRING数据库预测差异表达mRNA靶蛋白之间的蛋白质互作(PPI)关系.利用生物信息学方法构建差异表达基因的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络.采用qPCR验证表达差异的lncRNA.结果 HE染色结果显示,感染广州管圆线虫后14d,感染组大鼠脑组织出现病理变化,脑海马区神经元胞浆固缩;感染后21 d,脑膜处可见寄生虫样组织.RNA测序结果显示,感染广州管圆线虫后14d,大鼠脑组织中差异表达mRNA的数量为955个(890个上调、65个下调);差异表达lncRNA的数量为193个(122个上调、71个下调).GO富集分析结果显示,差异表达mRNA主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程,细胞成分主要为质膜外侧的胞外空间、细胞表面等,分子功能主要为趋化因子活性、趋化因子受体结合等;KEGG代谢通路分析结果显示,差异表达mRNA主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子等信号通路.PPI分析结果显示,差异表达基因主要的靶点为趋化因子配体11、RT1-Da、丝氨酸家族E成员1等,均与免疫应答相关.ceRNA结果显示,显著富集的miRNA如mir-466b-3p、mir-1956、mir-207和mir-328a-5p等与免疫应答、细胞凋亡、血管生成等过程有关.qPCR结果显示,感染广州管圆线虫后,感染组大鼠H19的相对转录水平逐渐升高,在感染后21 d达到峰值,为15.074±3.366,高于对照组的 1.000±0.113(t=13.190,P<0.05);RT1-CE6、LOC100910973 和 lncR-ncf1 的相对转录水平在感染后 14 d 达到峰值,分别为9.702±1.408、6.683±1.299和7.733±0.717,均高于对照组的 1.003±0.039、1.001±0.156和0.999±0.076(t=20.760、13.830、28.810,均 P<0.01);AABR07030796.1 的相对转录水平在感染后 14 d 开始上升,至感染后21 d达到峰值,分别为4.485±0.236和5.068±1.608,均高于对照组的1.000±0.159和1.001±0.256(t=7.049、8.229,均 P<0.01).感染广州管圆线虫后 14 d,大鼠脑组织中 H19、RT1-CE6、LOC100910973、lncR-ncf1和AABR07030796.1的qPCR结果和RNA测序结果均显示上调,表达趋势一致.结论 广州管圆线虫感染后大鼠脑组织转录组中获得955个差异表达mRNA和193个差异表达lncRNA,主要富集在炎症反应、免疫应答等生物过程.