查看更多>>摘要:目的:结合患者临床信息,通过单细胞测序联合多组学分析,识别前列腺癌发生发展中的关键基因,并利用转录组学进一步验证,鉴定出前列腺癌预后相关基因.方法:前列腺癌患者的单细胞测序数据来自GSE156632数据库中的4例患者,利用R语言进行细胞聚类和注释,随后挑选出上皮细胞进行差异分析,使用Hip-lot 网站对鉴定出的差异基因进行富集分析,随后利用UKB(UK Biobank)数据库下载基因对应的表达数量性状基因座(expression quantitative trait locus,eQTL)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,同时从TCGA(The Cancer Genome Atlas)和GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载了前列腺癌患者临床数据以及对应的基因表达数据.采用单因素COX回归分析观察孟德尔随机化后基因对患者预后的影响.结果:利用Seurat包对4例患者的单细胞数据进行质控和整合,在进行质控和细胞类型鉴定后,挑选出了上皮细胞亚群进行差异分析,共得到1 566个基因,随后进行了富集分析,结果显示差异基因可能富集于Ras信号通路,细胞凋亡与氧化磷酸化等信号通路,随后使用1 566基因进行了孟德尔随机化,得到了 74个可能的因果基因,使用TCGA-PRAD和GSE116918对这74个基因进行了单因素COX回归分析,发现FAM3B,JUNB,TMEM59,KRT5这4个可能的相关基因,最后比较了孟德尔随机化和单因素COX回归的结果,发现KRT5可能是对前列腺癌最有影响的基因.结论:这些结果表明,FAM3B,JUNB,TMEM59,KRT5可能在前列腺癌进展中起到作用,KRT5可能成为前列腺癌的预后预测因子和治疗靶点.