本发明公开了一种文冠果蛋白及其编码基因在提高植物花瓣中花青素的含量中的应用,涉及生物技术领域。本发明要求保护如下(1)?(4)任一项所述的物质在提高植物花瓣中花青素的含量中的应用:(1)氨基酸序列如SEQIDNO.10所示的文冠果蛋白;(2)编码所述文冠果蛋白的DNA分子;(3)含有所述DNA分子的载体;(4)含有所述DNA分子的微生物菌株。本发明提供的文冠果蛋白及其编码基因是文冠果花瓣中花青素合成的关键蛋白和基因,能够正向调控花青素的合成,为观赏型文冠果新品种的创制提供了理论依据,具有重要的指导意义和实际应用价值。