本发明公开了一种羊肚菌菌种分离方法，包括以下步骤：(1)种菇选择；(2)消毒；(3)收集孢子：菇直立，菌柄朝下插入铝线制作的支持物上，然后放入铺有无菌滤纸条的平皿上，盖上钟罩，置于17～25℃放置24～36h；(4)单孢分离：将含有孢子的滤纸条浸入无菌水，采用稀释分离法，将孢子浓度稀释为300～400个/mL；无菌条件下，吸取0.1mL孢子悬浮液滴到平板培养基上，用涂布棒将其涂匀，然后置于24～25℃培养；将单个孢子萌发而成的菌落移至斜面试管中重新培养，得羊肚菌纯种。该方法分离得到的羊肚菌菌种非常纯，能改善人工栽培中出现的重复性差，产量不高，采收时菌株参差不齐，品质差等问题。
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