本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种基因组选择方法及其在同源多倍体的育种中的应用。包括：构建加性基因组亲缘关系矩阵；基于所述加性基因组亲缘关系矩阵构建基因组选择模型；根据所述基因组选择模型对物种个体的育种值进行估计；所述同源多倍体加性基因组亲缘关系矩阵中所用的基因型矩阵为多倍体基因型矩阵；所述多倍体基因型矩阵中基因型的值通过任意一种等位基因的拷贝数确定。本发明针对同源多倍体特征的物种，基于同源多倍体基因组亲缘关系矩阵，提出了一种基因组选择方法，可以准确地预测出同源多倍体物种个体基因组育种值，提升基因组选择准确性，在基因组选择育种的领域具有重要意义。
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