本发明涉及一种基于纳米纤维基bigels双凝胶体系的复合益生菌剂及其制备方法和应用,属于益生菌加工技术领域,包括益生菌和作为益生菌运载体的纳米纤维基bigels双凝胶体系,其中,纳米纤维基bigels双凝胶体系中包含油凝胶和纳米纤维凝胶。本发明采用由油凝胶和纳米纤维凝胶配合形成的双凝胶体系作为益生菌运载体,有效提升了益生菌的抗逆性,基于此益生菌运载体的益生菌剂具有更好的胶体分散稳定性、PH稳定性以及冻融稳定性,并且可在胃肠消化中保持益生菌的活性,可避免益生菌在加工、贮藏及消化过程中失活,使得益生菌可到达肠道定植后对宿主发挥作用。