本发明公开了一种检测小麦籽粒脂肪氧化酶活性的引物对及其应用。本发明所提供的引物对为由序列表中序列1所示的单链DNA和序列2所示的单链DNA组成的引物对。实验证明,扩增出475bp、677bp和786bp三条带的小麦品种中,有98.29%为高脂肪氧化酶活性小麦品种;扩增出475bp和786bp两条带的小麦品种中,有80.06%为低脂肪氧化酶活性小麦品种;本发明所提供的检测小麦籽粒脂肪氧化酶活性的方法可靠、简便、实用,在小麦种质资源评价和育种标记的辅助选择中具有重要应用前景,同时为培育耐存储的小麦品种提供了参考依据。