本发明公开了大豆始花期主效QTL的分子标记indel15-1及其应用。本发明大豆始花期主效QTL位点位于大豆第15号染色体Gm15:48600kb-49850kb区间，分子标记位于大豆第15号染色体Gm15:49588kb。该分子标记的上游引物序列为Seq ID NO.1，下游引物序列为Seq ID NO.2。在用该引物对扩增NJZNRIL群体中始花期长短不同的两组材料及新配置的次级群体中，含有180bp特异DNA片段的材料有一个较大的始花期表型值。本发明所提供的分子标记可用于大豆品种或品系始花期长短的筛选或鉴定，提高育种效率。
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