本发明公开了一种快速鉴定辣椒果实果色发育相关基因功能的方法,利用病毒诱导基因沉默技术与辣椒离体果实果色变化相结合的方法对辣椒果实果色发育相关基因和辣椒果色发育无关基因进行功能鉴定,主要包括:构建基因沉默表达载体,经农杆菌GV3101介导侵染辣椒离体果实并观察果色表型的变化。产生沉默效果的离体辣椒果实表现出明显地橙色或黄色症状,说明被检测基因与辣椒果实果色发育相关;相反,果实的果皮颜色转色正常,或果皮颜色没有出现明显变化的,则说明被鉴定基因与辣椒果实果色发育无关,或是无功能基因。该方法为快速验证大量与辣椒果实果色发育相关基因功能提供了方便,可极大地加快辣椒果实品质分子育种进程。