本发明涉及一种低噪声潜器用纵倾平衡系统及其操作方法,包括艏部水舱和艉部水舱,艏部水舱和艉部水舱之间通过调水管路连接,调水管路上安装有控制管路水流通断的电磁阀,调水管路上还安装有计算调水重量的双向流量计;艏部水舱通过艏部水舱结构和艏部水舱介电弹性体材料共同组成密封的水舱,艉部水舱由艉部水舱结构和艉部水舱介电弹性体材料共同组成密封的水舱,运用介电弹性体材料在施加电压时产生变形的特点,设计介电弹性体驱动器为潜器调水提供驱动力。本发明提出的纵倾平衡系统较传统的使用水泵调水的纵倾平衡系统具有系统运行噪声水平低的优势,适用于水下隐蔽航行的潜器。