本发明公开了百香果病毒介导的基因沉默体系的构建方法及其应用，构建方法是：(1)提取百香果嫩叶的RNA，反转录获得cDNA；(2)选择百香果PePDS基因为干扰片段；(3)设计PePDS扩增的特异性上、下游引物，并进行cDNA片段PCR扩增，纯化后获得PePDS基因干扰片段；(4)将纯化的PePDS基因干扰片段通过重组反应同步连接到植物病毒pTRV2载体上，构建得到百香果PePDS基因沉默体系(pTRV1，pTRV2?PePDS)，命名为TRV?PePDS。本发明构建的TRV?PePDS可应用到农杆菌转化和百香果叶片浸染过程中，并表现出了明显的沉默效率。本发明能够快速高效获得转基因植株，稳定性强，操作简单。实现了快速降低目的基因表达水平的目的，达到敲除目的基因的效果，加快百香果功能基因组学的研究进程。
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