本发明公开了一种基于金丝猴评价野生动物源致病菌外溢风险的方法,涉及致病菌外溢风险评价技术领域。该方法包括:S1、川金丝猴粪便样品的采集;S2、DNA的提取;S3、细菌多样性分析和宏基因组测序分析;S4、计算潜在的耐药性致病菌的丰度;S5、野生动物肠道PARB的生态风险分析;S6、计算潜在耐药性致病菌的外溢风险;S7、统计分析。本发明在分析野生动物源致病菌外溢风险时,综合考虑细菌的丰度和数量、细菌的致病性、细菌的耐药性和细菌的可移动能力,可以有效而快速的评价人类与野生动物频繁接触的生态系统中野生动物致病菌外溢产生的生态风险。