本发明公开了监测根瘤菌在非豆科植物中定殖过程的方法。本发明公开的方法,包括:将EGFP的编码基因导入根瘤菌中,得到重组根瘤菌;用重组根瘤菌接种非豆科植物,监测重组根瘤菌在非豆科植物中的定殖过程;EGFP为氨基酸序列是序列2的蛋白质;将EGFP的编码基因导入根瘤菌中为将包含EGFP的编码基因的表达载体导入根瘤菌中。实验证明,利用含有EGFP编码基因的重组根瘤菌接种非豆科植物后,检测出来的植物体内的根瘤菌分别显著高于利用含有GFP编码基因的重组根瘤菌接种非豆科植物,表明,利用EGFP对根瘤菌进行标记,可以提高检测准确率,可以更准确的监测根瘤菌在水稻和小麦中的定殖过程。