本发明涉及棉花代谢组学解析领域技术领域,且公开了一种高效的棉花代谢组学样本制备方法,其特征在于,包括以下步骤:1)、取棉花特定组织样品,迅速浸没于液氮中保存制成冷冻样本。本发明的样品制备和检测方法,通过真空冷冻干燥使样品的称量更加方便、准确,同时也保证了样品内代谢物的稳定性;在提取液中加入甲酸,通过降低提取液PH的方法,减弱提取反应过程中代谢产物发生的氧化反应,进一步保持样品提取过程的稳定性;通过多次试验,优化出一个相对合适的色谱梯度,这一个色谱方法可以旨在压缩较少代谢物出峰阶段的时间,减少分析时长,提升分离效率,与此同时,延长较多代谢物出峰的时间段,减少质谱分析中的离子抑制作用。