本发明涉及一种组织内带菌外植体消毒的处理方法。其处理方法是外植体的植物材料经通用处理后将外植体边缘因消毒变色的部分剪下,后剪成1~3cm大小的小块待用,其特征在于:将经上述处理的外植体分别接种在含各种不同浓度及种类的抗生素培养基上,每个三角瓶中接种8~10块,其中每块外植体的边缘都要与培养基相接触,接种后放入培养室中培养。本发明方法操作简单,在培养基中中加入的羧苄青霉素、硫酸链霉素和制霉菌素三种抗生素对外植体消毒处理效果非常明显,不但对细菌起到很好的抑制作用(500+100+1000mg/L时达到100%),同也能基本控制真菌的生长。