本发明属于微生物处理技术领域,公开了一种从水体中分离单个纤毛虫的方法,分析每滴液体中虫体的数量:每滴液体中有一个虫体的保留;未发现虫体的舍弃;发现多个虫体的,继续将该滴液体稀释至平均每微升一个虫体。重复上述操作至每滴液体中仅一个虫体,利用移液器吸走该液滴,利用显微镜观察该液滴所在的位置确认虫体是否已被取走,确认虫体已吸入到移液器,则根据需要将移液器中的液体转移到指定位置;虫体仍留原处,则向该处加1微升液体,重复上述操作直至吸走虫体。本发明操作简单,不需要操作人员进行训练;可以进行批量操作;适合分离水体中任何一种纤毛虫;适合单一纤毛虫样品或者多种纤毛虫混合样品。