本发明公开了一种利用ZFN系统定点突变RNase Z<sup>S1</sup>获得温敏不育系的方法,其根据RNase Z<sup>S1</sup>在水稻的TMS5或Os02g0214300或LOC_Os02g12290编码区分别设计左、右两侧的ZFN识别序列ZFN-L和ZFN-R,然后构建双元载体,遗传转化获得阳性转基因植株,在阳性转基因植株中筛选获得突变的植株,将突变的植株传代种植和分离,获得不带转基因成分且低温下育性恢复可育的植株作为温敏不育株等步骤。通过ZFN系统定点突变失活RNase Z<sup>S1</sup>蛋白,实现人工培育可以获得不带转基因成分的温敏不育系,具有目的性强,基因组损伤小,不带转基因成分,大大简化了生物安全评价过程。