一种与玉米光周期敏感性主效QTL连锁的分子标记,提供两个与玉米光周期敏感性主效基因紧密连锁的SSR分子标记SSR119和分子标记SSR1336,以及扩增分子标记SSR119和SSR1336的引物对;所述的与玉米光周期敏感性的主效QTL连锁的分子标记判断玉米光周期敏感性的方法为,以玉米总DNA为模板,用分子标记SSR119的引物和分子标记SSR1336的引物序列进行PCR扩增,扩增产物经凝胶电泳检测,判断产物中是否具有与分子标记SSR119和SSR1336相同的目的条带,从而判断玉米是否具有玉米光周期敏感性基因,进而判断其光周期敏感性的大小;本发明的分子标记,可用于对玉米光周期敏感性进行遗传结构分析、遗传图谱构建、基因定位、构建近等基因系、分子标记辅助选择育种。