本发明公开了一种玉米抗盐主效QTL及其应用。所述玉米抗盐QTL基因，其编码核苷酸序列选自：(a)SEQ ID No.1所示的序列；(b)SEQ ID No.1所示的序列经取代、缺失和/或增加一个或多个核苷酸且表达相同功能蛋白质的核苷酸序列。在此抗盐QTL基因内，鉴定了一个在抗感材料间存在差异的插入缺失标记。该标记与玉米抗盐性连锁，可作为玉米抗盐分子标记，本发明提供了检测该抗盐分子标记的引物和方法。由于玉米抗盐属数量性状遗传，表型分析耗时费力，本发明所述的QTL基因、分子标记和引物可以应用于玉米的抗盐育种。
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