本发明公开了一种非编码基因的高通量鉴定方法，包括以下步骤：（1）提取样品总DNA，进行DNA测序，并将测序结果拼接成contig序列；（2）提取样品总RNA，从中分离长度为18~30nt的小RNA，对小RNA进行测序；（3）将小RNA测序的Reads匹配到DNA的contig序列上进行两端延伸，获得候选前体序列；（4）利用计算机软件对候选前体序列进行高通量鉴定。该发明主要针对于没有基因组图谱物种的microRNA及其基因的系统鉴定，发现新的非编码RNA基因；对已有完成基因组测序的生物同样适用；且不局限于microRNA，同样适用于具有前体结构的小RNA的检测。
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