本发明公开了一种西红花内生真菌及其在防治球茎腐烂病中的应用,属于植物病害防控技术领域。所述的内生真菌是从鸢尾科番红花属植物西红花活体中采用内生真菌分离纯化技术分离获得的,属于多孔菌目,多孔菌科,栓菌属真菌,分类命名为变色栓菌CS05(Trametesversicolor),菌种保藏编号为CGMCC No.21948。本发明同时公开了所述内生真菌的用途:能抑制西红花球茎腐烂病病原菌Fusarium oxysporum的菌丝生长,相对抑制率为76.53%,同时有效缓解西红花球茎腐烂病病情,病情指数下降81.13%。本发明的内生真菌对西红花球茎腐烂病防治效果明显,为西红花真菌类病害的生物防治领域带来广阔的应用前景。