本发明提供一种飞机导管法兰盘孔位定位装置及其定位方法,所述定位装置,包括钻模体、可拆卸小衬套、可拆卸大衬套、检验用定位插销和圆柱销,在钻模体上沿圆周方向均匀设有若干个钻模孔,其中位于同一直线上的一对钻模孔内分别置放圆柱销,圆柱销的一端与钻模体螺纹连接,圆柱销的另一端与飞机结构件上的基准孔定位连接,可拆卸小衬套和可拆卸大衬套交替置放于钻模体上剩余的钻模孔内以待制孔工作,检验用定位插销用于检测飞机结构件上的法兰盘孔位的位置度及精度。本发明定位方法是根据法兰盘形状、尺寸及孔位连接方式,采用圆柱销作为定位基准、快速制孔及孔位检测等方式,不仅提高了法兰盘与结构件连接孔孔位的准确性,而且操作简单,检查直观、方便,可缩短装配周期30%以上。