本发明公开了一种利用SRAP分子标记进行棉花连锁遗传作图的方法。作图群体为海岛棉与陆地棉杂交产生F<SUB>2</SUB>单株。应用序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记，PCR扩增检测所述群体的多态性并进行遗传作图，得到285个多态性条带，平均每个引物组合产生3.75个多态性条带，最多可产生13条多态性条带，比现有棉花分子遗传连锁图构建的其它标记的产率高。对285个标记用MAPMAKER构建连锁群，237个标记进入39个连锁群，每个连锁群有2～13个标记，总长3030.7cm，覆盖整个棉花基因组的65.4％，标记间平均间距12.79cm。标记在整个连锁群中分布比较均匀，没有标记聚集在一起的现象。本发明还提出了具体的分子标记操作的步骤和电泳参数。
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