本发明公开了基于SNP分型的多倍体等位基因分析技术，其分析技术包括以下步骤：A、在多倍体植物个体中，分别有来自不同染色体组的等位基因，它们在细胞或不同的外部环境中，由于不同亚染色体组基因的启动子等顺式作用元件不同。本发明适用于多种异源、同源多倍体大田作物：如棉花、小麦、花生、油菜等多倍体植物组织特异性、胁迫响应、不同发育阶段的等位基因表达差异分析，已形成了相关软件可以批量自动化分析，本技术可以准确定量每个多倍体等位基因表达量，克服了多倍体植物等位基因表达量计算不准确的难题，达到了开发了可以分析多倍体的等位基因表达分析技术，编写了用于分析该技术相关程序的优点。
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