本公开提供一种寡氧单胞菌菌株KT48、溶藻菌液及其制备方法和应用,寡氧单胞菌菌株KT48保藏编号为CGMCC NO.22722,溶藻菌液由保藏编号为CGMCC NO.22722的寡氧单胞菌菌株KT48制备得到;寡氧单胞菌菌株KT48具有除藻作用,而非该菌株的代谢产物具有除藻作用,更便于实际应用;且制备溶藻菌液时将寡氧单胞菌菌株KT48接种至培养基,然后于恒温震荡箱中培养到稳定期得到溶藻菌液,制备方法简单;寡氧单胞菌菌株KT48可使铜绿微囊藻细胞膜破裂,细胞结构遭到破坏;采用寡氧单胞菌菌株KT48制备得到的溶藻菌液可降低蓝藻的叶绿素含量,有效控制水华暴发,具有高效性、生物特异性、环境友好性并且可生物降解。采用该溶藻菌液控制蓝藻水华,成本低廉、操作简单、安全性强,无二次污染。