本发明公开了一种具有抗菌功能的饲料添加剂及其应用。所述饲料添加剂是由经过修饰的鱼类抗菌肽hepcidin和两栖动物抗菌肽magainin所组成的融合蛋白，其中融合蛋白含有SEQ ID NO：1所示氨基酸序列的短肽；或者所述饲料添加剂是基因组中包含有SEQ ID NO：2所示核苷酸序列的毕赤酵母、酿酒酵母、假丝酵母之一或其任意比例的组合，其中：所述酵母菌数不少于5×10<SUP>4</SUP>cfu/g，含水量≤10％。本发明所述饲料添加剂能替代抗生素广泛用于制备具有病害防治功能的水生生物或养殖畜禽饲料。
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