本发明公开了一株醋杆菌(Acetobactersp.SJA-1)CGMCCNo.3347及其在沙棘果醋生产中的应用,涉及的是一株醋杆菌及利用该菌生产沙棘果醋的方法。该菌株分离源为自然发酵的沙棘醋醪,用于以沙棘酒为原料的沙棘果醋生产。菌落形态规则,呈圆形突起,乳白色,表面有光泽,平板培养5d,菌落直径0.1~0.2mm,透明圈直径0.5~1.0cm。革兰氏染色呈阴性,菌体大小为(0.6~1.0)×(1.0~1.8)μm,短杆状,无芽孢。经分离、筛选后得到的该菌株,能充分适应沙棘酒较高的酸度,发酵速度快,醋酸转化率高,不容易发生醋酸过氧化反应。用该醋杆菌生产的沙棘果醋,酸味突出,果香浓郁,具有独特的沙棘果醋风格。